《福建农民合作经济组织制度创新研究:基于台农(商)在闽创办产销合作社的实证分析》以新制度经济学和产业组织理论为分析工具，立足福建农民合作经济组织的发展实践，将福建农民专业合作组织中的专业大户能人带动型、政府职能部门带动型、供销社带动型、龙头企业带动型等四大类型统称为福建普通型农民合作经济组织；而将得益于两岸农业合作成果的推动，由台农（商）在福建创办的，以生产农户合作模式为特点的农民产销合作社，作为福建特殊型农民合作经济组织。并通过构建一个具有一定解释力的农民合作经济组织的理论分析框架，围绕农民合作经济组织的制度特征、产权安排、所有权结构、委托代理关系、政府作用进行系统的理论研究和实证分析。研究得出的主要结论有：通过产业组织理论的SCP范式分析与比较，得出福建普通型农民合作组织内部制度存在产权模糊、治理结构不健全、缺乏民主管理、运作分配机制不规范、普通农户权益未能得到有效保障等问题，并揭示其深层次的原因；通过台农在闽创办的产销合作社委托代理模型的建立，实证分析这种特殊型合作组织制度安排的优越性，即强调社员惠顾者的剩余索取权、有利于交易费用节约的产权制度以及合理有效的委托代理机制；通过典型案例分析，揭示台农在闽创办的产销合作社这种特殊型合作组织，目前还未能够在福建迅速推广的根本原因，是合作经济组织外部缺乏政府强有力的扶持；最后，通过理论假说的检验和证实，强调农民合作组织规范化发展的积极作用与重要意义，并提出更好地规范促进福建农民合作组织健康可持续发展对策建议。

该书结构由以下九个章节组成。

第一章“导论”，主要介绍《福建农民合作经济组织制度创新研究:基于台农(商)在闽创办产销合作社的实证分析》研究的背景，提出研究的问题，并阐明《福建农民合作经济组织制度创新研究:基于台农(商)在闽创办产销合作社的实证分析》研究的目的与意义，分析思路与研究方法。

第二章“农民合作经济组织的国内外研究现状”，主要对国内外农民合作经济组织相关理论的研究成果进行系统梳理。

第三章“农民合作组织的理论分析框架”，主要运用新制度经济学和产业组织理论的分析方法，构建一个对农民合作组织具有一定解释力的理论分析框架，围绕农民合作组织的制度特征、产权安排、所有权结构、委托代理关系、政府作用进行系统的理论研究。

第四章“台湾农民合作组织的发展概述”，主要介绍台湾农会、农业合作社、农业产销班等农民合作组织的产生与发展情况，重点阐述台湾农民合作组织体系的构架、功能和运行特征，以及台湾农产品运销机制；研究认为，台湾农民合作组织的制度安排与创新，以及农会、合作社、产销班的实践做法和农产品运销的成功经验，对推动福建农民合作组织发展具有重要的借鉴意义与参考价值。

第五章“福建农民合作组织发展现状、类型与问题”，通过福建普通型与特殊型合作组织的分类，对其产生的背景条件、发展现状、存在问题进行分析概括。

第六章“福建农民合作组织结构、行为与绩效的实证分析”，运用产业组织理论的SCP范式分析与比较，揭示福建普通型农民合作组织内部制度缺陷，凸显由台农创办的特殊型合作组织制度的经济合理性；通过产销班在闽与在台发展的差异比较，论述这种特殊型合作组织因缺乏外部组织体系保障而难以有效发展的原因。

第七章“福建特殊型合作组织激励机制与适应性的实证分析”，主要通过台农在闽创办的锦信青果产销合作社委托代理模型的建立，分析评价其内部制度安排的优越性；同时，通过分析锦信青果产销合作社成长的生命周期阶段特征，说明其制度安排的适应性。

第八章“福建特殊型合作组织发展与政府扶持的实证分析”，通过理论研究和案例分析，阐明由台农（商）创办的特殊型合作组织，其外部由于缺乏来自政府的法律支持、制度保障、资金补助、政策优惠而遇到的障碍，进一步揭示这种特殊型合作组织未能够在福建推广和普及起来的根本原因。

第九章“研究的主要结论与建议”，概括归纳本研究所得出的主要结论，并据此提出规范促进福建农民合作组织发展的相关政策建议。