《DNA芯片和基因表达:从实验到数据分析与模建(影印版)》内容简介:在生物学和医药前沿领域中,基因组测序、高通量药物筛选、DNA芯片(微阵)等技术应用越来越广泛。使用给定细胞中的mRNA,在给定的时间及条件下,DNA芯片能够快速检测出该细胞中的基因表达水平,可以研究基础的生物学现象(如进化、发育)、判断新基因的功能、检测药物反应及其他基因表达组成等。《DNA芯片和基因表达:从实验到数据分析与模建(影印版)》是涉及多学科领域的DNA芯片导论,对于生物学工作者及有志于使用这一技术的计算机科学研究人员是必备的参考读物。内容包括基因组学简介、DNA芯片格式及阅读方法、基因表达实验、芯片数据统计分析、当前DNA芯片应用等,行文严谨,内容全面,具有较高的参考价值。
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我是一个有十多年经验的临床医生,最近因为科室开展了一个大型的队列研究,需要处理大量的患者纵向随访数据,其中涉及到复杂的生存分析和风险预测模型,这本书的统计学部分简直是为我打开了一扇新世界的大门。它的叙述方式非常注重临床应用的转化性,完全没有那些纯理论书籍的枯燥感。例如,在讲解Cox比例风险模型时,它没有停留在公式的推导上,而是用了好几个不同病种的真实(模拟)数据实例,一步步演示如何将临床协变量,如年龄、治疗方案、合并症等,有效纳入模型,并用图形直观展示了风险比(Hazard Ratio)的临床解释。更让我佩服的是,书中关于模型验证和泛化能力评估的部分,讨论得极其深刻。如何使用交叉验证(Cross-Validation)来避免过度拟合,特别是针对小样本高维度数据的挑战,作者提供的Bootstrapping方法讲解得非常透彻,每一步的计算逻辑都清晰可见。这本书帮我解决了过去一直困扰我的一个难题:如何将复杂的统计结果,用清晰、有力的方式传达给非统计学背景的同事和患者。它不仅提供了“怎么做”的步骤,更重要的是解释了“为什么这么做”的科学依据,极大地提升了我对数据驱动决策的信心。
评分如果说市面上的许多生物技术书籍都是在描述“做什么”,那么这本关于细胞分选和高通量测序文库制备的册子,则是在细致地描绘“如何做得更好”。作为一名实验室技术人员,我最关注的就是那些影响实验成败的关键细节,而这本书恰恰在这方面做到了极致。它对流式细胞术(FACS)的分离效率优化部分,简直是教科书级别的指南。从鞘液的选择到激光功率的微调,甚至包括不同抗体标记的兼容性问题,都有详尽的图表和操作建议。我尤其喜欢其中关于样品处理环节的对比实验记录,书中展示了不同固定剂对下游质谱分析兼容性的差异,这种实操层面的洞察力,是很多学术论文中都不会详细提及的“隐性知识”。此外,在文库构建部分,它对DNA片段化(Fragmentation)的均匀性控制要求进行了详细的量化分析,并给出了针对不同起始样本量(从FFPE样本到单细胞)的文库准备流程图。这本书的语言简洁有力,充满了工程师式的严谨,读起来让人感觉仿佛是站在一位经验丰富的老技师旁边,手把手地学习每一个精妙的操作诀窍,对提升实验的重复性和可靠性有立竿见影的效果。
评分我对生物学的了解主要集中在植物生理学领域,对分子生物学和高通量测序的了解较为薄弱,这本书的入门介绍部分堪称完美,它成功地架起了一座连接经典植物形态学与现代分子技术的桥梁。作者的叙事非常具有画面感,尤其是在描述基因如何在植物生长发育过程中发挥作用时,常常结合具体的形态学变化进行讲解,比如叶片边缘的形成、根系的分化等,这使得抽象的分子事件变得非常具体和可感。它对特定基因家族(例如MADS-box基因家族)的演化和功能分化,进行了清晰的梳理,用时间轴的方式展示了不同物种间的功能保守性与创新性。此外,书中关于作物改良中应用分子标记辅助育种的章节,提供了大量的成功案例,这些案例不仅展示了技术路线,更重要的是深入分析了背后的育种目标和环境适应性压力,使读者能理解技术服务于农业生产的最终目的。这本书的语言风格是温和而鼓励的,没有使用过多的行话,即使是初学者也能轻松跟上节奏,它成功地激发了我探索分子机制的浓厚兴趣,并为我未来的研究方向提供了坚实的理论基础和丰富的应用灵感。
评分这本关于生物信息学和蛋白质组学的巨著,简直是为我这种刚刚跨入这个领域的研究人员量身定做的。它没有急于深入那些晦涩难懂的数学模型,而是用一种近乎讲故事的方式,清晰地勾勒出了整个数据处理流程的逻辑脉络。我特别欣赏它对数据预处理阶段的细致讲解,从原始信号的噪音去除到标准化处理的各种策略,作者都给出了详尽的案例分析和优缺点对比。特别是关于如何选择合适的批次效应(Batch Effect)校正方法时,书中提供的决策树流程图简直是救星,让我这个面对海量实验数据手足无措的新手,立刻找到了方向。更让我惊喜的是,它并没有止步于介绍工具的使用,而是深入探讨了不同算法背后的生物学假设,这对于我们设计实验和解释结果至关重要。比如,在讲解聚类分析时,作者不仅展示了K-means和层次聚类,还花了相当的篇幅讨论了在基因表达数据中,为什么非负矩阵分解(NMF)有时比传统的PCA更能揭示潜在的生物学亚群。读完这些章节,感觉自己不再是简单地敲击代码的“操作员”,而是真正理解了数据背后生物学意义的“分析师”。这本书的广度和深度,让我确信它将成为我工作台上的常客,随时可以翻阅查阅那些关键的理论支撑和实操技巧。
评分我是一名专注于计算神经科学的学生,通常接触的都是偏向于模型构建和动力学模拟的书籍,但这本书对于基因调控网络和信号转导路径的系统生物学描述,却给了我一种全新的、宏观的视角。它并没有把我拉回到传统的离散数学模型,而是用一种层次化的、模块化的方式来解析复杂的生物系统。书中关于布尔网络和微分方程模型在描述基因调控中的应用,处理得非常平衡。它没有陷入纯粹的理论推导,而是通过一些经典的调控回路(比如“抑或”门、振荡器模型)作为案例,展示了如何通过数学描述来预测细胞命运的转变。最吸引我的是它对“模块性”概念的探讨,即如何将一个庞大复杂的网络分解为更易于分析的子模块,以及如何识别这些模块中的关键枢纽基因(Hub Genes)。这种自上而下的系统思维,极大地拓宽了我理解复杂系统行为的框架。它让我意识到,生物学问题往往不是孤立的,而是网络结构和参数决定的,这与我在神经元网络建模中学到的思想是相通的,只是应用在了一个全新的尺度上。这本书非常适合那些希望从纯粹的计算模型转向理解生物学功能实现的读者。
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