Bioinformatics and Functional Genomics

Bioinformatics and Functional Genomics pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:Wiley-Blackwell
作者:Jonathan Pevsner
出品人:
页数:992
译者:
出版时间:2009-05-04
价格:USD 99.95
装帧:Paperback
isbn号码:9780470085851
丛书系列:
图书标签:
  • 生物信息学
  • 基因组学
  • 生物信息学
  • 功能基因组学
  • 基因组学
  • 生物技术
  • 计算生物学
  • 分子生物学
  • 遗传学
  • 数据分析
  • 生物统计学
  • 系统生物学
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具体描述

The bestselling introduction to bioinformatics and functional genomics—now in an updated edition Widely received in its previous edition, Bioinformatics and Functional Genomics offers the most broad-based introduction to this explosive new discipline. Now in a thoroughly updated and expanded Second Edition, it continues to be the go-to source for students and professionals involved in biomedical research. This edition provides up-to-the-minute coverage of the fields of bioinformatics and genomics. Features new to this edition include: Several fundamentally important proteins, such as globins, histones, insulin, and albumins, are included to better show how to apply bioinformatics tools to basic biological questions. A completely updated companion web site , which will be updated as new information becomes available - visit www.wiley.com/go/pevsnerbioinformatics Descriptions of genome sequencing projects spanning the tree of life. A stronger focus on how bioinformatics tools are used to understand human disease. The book is complemented by lavish illustrations and more than 500 figures and tables—fifty of which are entirely new to this edition. Each chapter includes a Problem Set, Pitfalls, Boxes explaining key techniques and mathematics/statistics principles, Summary, Recommended Reading, and a list of freely available software. Readers may visit a related Web page for supplemental information at www.wiley.com/go/pevsnerbioinformatics. Bioinformatics and Functional Genomics, Second Edition serves as an excellent single-source textbook for advanced undergraduate and beginning graduate-level courses in the biological sciences and computer sciences. It is also an indispensable resource for biologists in a broad variety of disciplines who use the tools of bioinformatics and genomics to study particular research problems; bioinformaticists and computer scientists who develop computer algorithms and databases; and medical researchers and clinicians who want to understand the genomic basis of viral, bacterial, parasitic, or other diseases. Praise for the first edition: "...ideal both for biologists who want to master the application of bioinformatics to real-world problems and for computer scientists who need to understand the biological questions that motivate algorithms." Quarterly Review of Biology "… an excellent textbook for graduate students and upper level undergraduate students." Annals of Biomedical Engineering "…highly recommended for academic and medical libraries, and for researchers as an introduction and reference…" E-Streams

《植物细胞信号转导机制研究》 图书简介 本书全面深入地探讨了植物生命活动中至关重要的细胞信号转导过程,聚焦于植物如何感知、整合并响应来自环境和内部的各种信号,从而实现生长发育、适应逆境和维持稳态。内容涵盖了从信号的接收、跨膜传递到细胞内信号放大和最终基因表达调控的完整链条,旨在为植物生理学、分子生物学和遗传学领域的研究人员、教师及高年级学生提供一本权威、详实的参考著作。 第一部分:信号的感知与接收 植物缺乏动物的神经系统,因此其信号接收主要依赖于遍布全身的特定受体蛋白。本部分详细解析了植物信号感知的分子基础。 第一章:光信号的捕获与转换 光照是植物生命活动最主要的驱动力。本章深入剖析了光敏色素(Phytochromes)、隐花色素(Cryptochromes)和感光素(Phototropins)的结构、分子机制及其在光周期、向光性、气孔开放等生理过程中的作用。重点讨论了光诱导的蛋白构象变化如何启动下游信号级联反应,以及光信号在细胞核内如何影响转录因子活性。我们通过对近年晶体学和光谱学数据的分析,阐明了这些受体如何精确测量光量子和光质信息。 第二章:激素信号的识别与转导 植物激素是内部信号传递的核心介质。本章系统梳理了五大经典激素(生长素、赤霉素、脱落酸、细胞分裂素、乙烯)以及新兴激素(如油菜素甾醇、水杨酸、茉莉酸)的信号通路。 生长素(Auxin):重点阐述了TIR1/AFB受体介导的蛋白酶体降解途径,解释了如何通过调控Aux/IAA蛋白的稳定性来控制基因表达。详细讨论了PIN蛋白家族在极性运输中的关键作用。 脱落酸(ABA):详尽描述了PYR/PYL受体如何结合ABA,进而抑制PP2C磷酸酶,最终激活SnRK2激酶的通路,这是植物应对干旱胁迫的核心机制。 乙烯(Ethylene):分析了ETR/绕/CTR信号轴的负反馈调控机制,以及它在果实成熟和器官衰老中的作用。 第三部分:跨膜信号的传递与放大 信号一旦被接收,必须通过细胞膜传递到细胞内部,并进行适当的放大,以确保有效响应。 第三章:第二信使系统 本章集中讨论了细胞内的小分子信号分子,它们在信号放大中起着至关重要的作用。 钙离子(Ca²⁺)信号:深入探讨了钙离子感受器(如CaM、CCaMK)如何识别钙信号的时空特征。通过对钙离子流经离子通道的动力学模型分析,揭示了钙信号在细胞壁完整性维持和胁迫应答中的多效性。 活性氧(ROS):阐述了ROS(如$ ext{H}_2 ext{O}_2$、超氧阴离子)作为“双刃剑”的角色,既是信号分子,也是氧化胁迫的介质。详细介绍了NADPH氧化酶(RBOHs)在膜电位调节和防御反应中的激活机制。 磷脂信号分子:探讨了磷脂酶C(PLC)和磷脂酶D(PLD)在磷脂代谢中产生的IP3和磷脂酸如何调控膜运输和细胞骨架重排。 第四章:蛋白激酶与磷酸酶的级联反应 信号转导的核心在于精确的蛋白质磷酸化/去磷酸化修饰。 MAPK信号级联(Mitogen-Activated Protein Kinase Cascades):系统梳理了植物的三级MAPK通路(如涉及MKKK-MKK-MPK的经典通路),这些通路是植物对病原体关联分子模式(PAMPs)和微生物关联分子模式(MAMPs)快速响应的基础。详细分析了特定MAPK在核内直接磷酸化转录因子(如WRKY家族)的机制。 受体型酪氨酸激酶(RTKs)及相关激酶:讨论了植物特有的、结构复杂的胞外结构域受体激酶(RLKs)如何通过自身磷酸化或跨磷酸化来激活下游的组氨酸激酶(HKs)或转导信号。 第四部分:信号的整合与输出 信号的最终输出必须整合来自不同受体和通路的信息,并精确地在基因表达水平上体现出来。 第五章:信号在细胞核内的整合与转录调控 本章聚焦于信号如何精确地影响染色质结构和转录因子活性。 表观遗传调控:分析了信号诱导的组蛋白修饰(如乙酰化、甲基化)和DNA甲基化,这些修饰如何动态地控制基因的可及性。重点介绍了SWI/SNF染色质重塑复合物在应对胁迫信号中的响应。 转录因子网络:通过代谢网络和基因调控网络的视角,阐释了信号如何激活或抑制关键的转录因子家族(如bHLH, NAC, AP2/ERF),以及这些转录因子如何构建复杂的协同调控网络,以应对复杂多变的生存环境。 第六章:信号在细胞间的远距离通讯 植物需要协调整个植株的生理活动,本章探讨了细胞间和组织间的信号传递机制。 胞间连丝(Plasmodesmata):研究了胞间连丝的动态开放和关闭,以及信号分子(如miRNA、蛋白质)如何通过这些连接点进行长距离或邻近细胞间的信号传递,尤其是在病毒传播和局部免疫反应中的作用。 维管系统信号:分析了木质部和韧皮部如何传递激素、RNA分子甚至电信号,实现对根、茎和叶片之间远距离协调。 总结与展望 本书最后部分总结了植物信号转导的通用原则和关键特征,并对未来研究方向进行了展望,特别是单细胞转录组学和高通量成像技术如何帮助我们更精细地解析时空分辨率下的信号动态变化。本书力求提供扎实的理论基础和最新的研究视角,是深入理解植物生命调控奥秘的必备参考书。

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读后感

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用户评价

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书,对我而言,是一次知识的洗礼,更是一次思维的革新。我一直对遗传学和分子生物学有着浓厚的兴趣,但总觉得其中的许多细节难以深入理解。这本书就像是一把金钥匙,为我打开了通往更深层理解的大门。它不仅仅是罗列了一堆生物信息学的工具和方法,更是将这些工具和方法置于实际的生物学研究情境中进行阐释。我特别喜欢书中关于基因调控网络构建的章节,它让我看到了如何通过整合不同来源的数据,去揭示基因之间复杂的相互作用,这对于理解疾病的发生机制具有极其重要的意义。书中大量的案例分析,都是基于真实的研究项目,让我能够清晰地看到生物信息学在解决实际生物学问题中的强大能力。例如,在癌症研究的章节中,作者详细介绍了如何利用基因芯片数据和RNA测序数据,去识别与癌症发生发展相关的关键基因,并分析其潜在的信号通路。这种“理论与实践相结合”的讲解方式,让我学到的知识更加牢固,也更加有成就感。我甚至开始尝试着去使用书中介绍的一些公共数据库和分析工具,虽然我并非专业的研究人员,但通过这些实践,我能更直观地感受到生物信息学研究的魅力。这本书让我意识到,现代生物学研究已经离不开强大的计算支持,生物信息学已成为生命科学不可或缺的一部分。

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在我看来,《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书,与其说是一本技术手册,不如说是一次深入人心的学术旅行。它非常巧妙地将生物学与计算机科学这看似不相关的两个领域,编织成了一幅宏大而精密的画卷。我以前对生物信息学,一直停留在“数据分析”的模糊概念上,总觉得它只是一个辅助工具。但这本书彻底改变了我的看法。它详细阐述了生物信息学在基因组学、转录组学、蛋白质组学等各个层面所扮演的核心角色。我尤其印象深刻的是关于功能基因组学那部分,它不再是简单地列举基因的功能,而是通过各种算法和数据库,去推断基因之间的相互作用,去构建复杂的调控网络。这种层层递进的分析方法,让我看到了生命系统是如何精妙运作的。书中的图表和模型也非常清晰,将抽象的概念具象化,帮助我理解那些复杂的分子生物学过程。我甚至花了很多时间去研究那些数据可视化图谱,它们就像是生命活动的快照,让我能直观地感受到基因表达的变化,感受到蛋白质网络的动态。这本书也让我意识到,要真正理解生命,不能仅仅停留在宏观的观察,更需要深入到微观的分子层面,并通过强大的计算工具去解析其中的奥秘。它让我学会了用一种更系统、更科学的视角去看待生物学问题。读完之后,我感觉自己对生命科学的理解,上升到了一个全新的维度,那种成就感和探索欲,至今仍然激励着我。

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这本书,怎么形容呢?它就像一本百科全书,但又远不止于此。它不是那种陈旧的、纸面上的百科全书,而是活的,在不断地更新迭代,并且带着你一起去探索那些尚未完全解开的生命之谜。《Bioinformatics and Functional Genomics》在生物信息学领域,绝对是一本里程碑式的著作。我之所以这么说,是因为它非常系统地梳理了生物信息学的发展脉络,从最基础的序列分析,到复杂的功能基因组学和系统生物学,无所不包。书中的内容逻辑清晰,层次分明,每一个章节都像是一个精心设计的模块,将相关的知识点串联起来,形成一个完整的知识体系。我特别欣赏作者在处理那些技术性很强的内容时,所展现出的耐心和细致。他们不仅仅是给出了算法的描述,更是深入浅出地解释了这些算法背后的数学原理和生物学意义。这让我能够真正理解“为什么”要使用这些方法,而不是简单地“怎么”使用。书中的图例和数据可视化做得非常出色,很多复杂的概念,通过一张图就能够豁然开朗。例如,在讲解蛋白质三维结构预测时,那些精美的三维模型图,让我对蛋白质的折叠和功能有了更直观的认识。这本书对我最大的影响,是让我对生命科学的研究方法有了全新的认识。我以前可能更侧重于实验操作,但这本书让我看到,数据分析和计算建模同样是探索生命奥秘的重要途径。

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说实话,刚开始拿到《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书的时候,我并没有抱太大的期望,毕竟“生物信息学”这个词听起来就带着一股浓浓的理工科的枯燥感。然而,这本书却给了我一个巨大的惊喜。它以一种极其流畅和富有条理的方式,将看似庞杂的生物信息学知识娓娓道来。我尤其喜欢作者在解释算法原理时所采用的类比,它们非常生动有趣,让我在理解那些复杂的数学模型时,不再感到头晕脑胀。例如,在介绍序列比对算法时,作者将它比作是在茫茫大海中寻找一条特定的航线,需要精确的导航和计算。这种通俗易懂的比喻,极大地降低了学习的门槛。书中的内容涵盖了从基础的序列数据库到复杂的系统生物学建模,几乎涉及了生物信息学研究的方方面面。我最感兴趣的部分是关于蛋白质结构预测的章节,它让我看到了如何利用计算的力量,去模拟和预测蛋白质的三维结构,这对于理解蛋白质的功能以及设计药物至关重要。这本书不仅仅是知识的堆砌,更是一种思维的训练。它教会了我如何提出问题,如何设计实验(尽管是计算实验),以及如何从海量的数据中提取有用的信息。读完之后,我发现自己看待生物学文献的视角都发生了变化,能够更敏锐地捕捉到其中蕴含的生物信息学方法和结论。这本书绝对是我近年来阅读过的最令人印象深刻的学术著作之一。

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书,它就像一位经验丰富的引路人,在我初次踏入浩瀚的生物信息学领域时,提供了最清晰、最全面的指引。我过去对生物学和计算机科学的结合感到困惑,总觉得两者之间隔着一道难以逾越的鸿沟。然而,这本书却用一种令人惊叹的智慧,将两者完美地融合在一起。它不仅仅是技术知识的罗列,更是对生物信息学研究理念和方法论的深刻阐释。我最着迷的部分是关于比较基因组学和系统生物学的内容,它让我看到了如何通过跨物种的基因组比较,去推断基因的功能和演化历史,以及如何将这些分散的基因信息整合起来,构建出整个细胞或生物体的复杂网络模型。书中的案例研究非常具有启发性,它们展示了生物信息学在解决实际生物学问题中的巨大价值,例如在农业育种、环境保护以及新药研发等领域。我尤其喜欢作者在解释复杂概念时所采用的类比和图解,它们能够帮助我快速理解那些抽象的理论,并将其与实际的生物学现象联系起来。这本书不仅仅让我获得了知识,更重要的是,它激发了我对生命科学探索的无限热情。读完之后,我感觉自己已经具备了初步的生物信息学分析能力,能够独立地去理解和评估相关的研究文献。

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这本书,啊,怎么说呢,它就像是打开了一个全新的世界,一个我之前只能模糊感知,却从未真正踏足的领域。我一直对生命科学充满好奇,但总觉得那些DNA、RNA、蛋白质的符号和图谱遥不可及,像是某种晦涩的古老文字。直到我翻开了《Bioinformatics and Functional Genomics》,那种隔阂感才一点点消融。它不是那种枯燥乏味的教科书,而是以一种非常引人入胜的方式,将那些复杂的概念层层剥开。我记得有一次,读到关于基因组测序的章节,作者用了一个非常形象的比喻,将整个基因组比作一本巨大的生命之书,而生物信息学就是解读这本书的语言学家。这个比喻瞬间点亮了我对测序技术和数据分析的理解。我以前总觉得,测序出来一堆乱码,然后呢?这本书却详细地解释了,这些“乱码”是如何被排列组合,如何被比对,最终揭示出基因的功能、演化路径,甚至是疾病的根源。它让我看到了科学的严谨性,也看到了智慧的闪光。书中的案例分析也特别接地气,从常见的疾病研究到新药的研发,都能找到生物信息学应用的影子。读着读着,我开始意识到,原来我们身边那么多医疗和生物技术的进步,背后都有着如此强大的计算和分析能力在支撑。我甚至开始尝试着去理解那些代码和算法,虽然我不是专业的程序员,但书中的解释足够清晰,让我能大致把握其原理和作用。总而言之,这是一本让我感到既充实又兴奋的书,它不仅仅是知识的传授,更是一种思维方式的启迪,让我对生命的探索有了更深层次的认识。

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书,对我来说,就像一位博学的向导,带领我穿越了错综复杂的生命科学迷宫。我一直对基因与疾病之间的关系抱有极大的好奇心,但苦于缺乏专业的知识和工具去深入探究。这本书,正好满足了我这样的需求。它以一种非常人性化的方式,将那些原本令人望而生畏的生物信息学概念,一一呈现。我特别喜欢书中关于基因组变异分析的章节,它详细介绍了如何识别DNA序列中的突变,以及这些突变可能带来的生物学后果,例如致病性和遗传性。书中列举的许多真实案例,让我看到了生物信息学在疾病诊断和个性化医疗方面的巨大潜力。我曾经对“大数据”这个词感到有点模糊,但读完这本书,我才真正理解,生物信息学正是处理和分析这些海量生物数据的关键学科。书中的内容,从基础的数据库检索,到高级的机器学习模型,都进行了详细的介绍,让我在理解和掌握这些工具方面,少走了许多弯路。我尤其欣赏作者对于研究方法论的强调,他们不仅仅是教授技术,更是引导读者思考如何利用这些技术去解决实际的生物学问题。读完这本书,我感觉自己对生命科学的认识,不仅仅是停留在“是什么”,更是上升到了“为什么”和“怎么做”的层面,这种提升让我感到非常欣喜。

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这本书,怎么说呢?它就像一个打开了新世界的大门,让我看到了生命科学领域前所未有的广阔前景。《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书,它以一种非常引人入胜的方式,将生物学、计算机科学和统计学巧妙地结合在一起,为我提供了一个全新的视角来理解生命。我一直对人类基因组计划及其后续的研究成果感到惊叹,但总觉得其中的技术细节难以理解。这本书,恰好填补了我知识上的空白。它详细介绍了基因组测序技术的发展历程,以及如何利用生物信息学工具来分析和解释这些海量的基因组数据。我特别喜欢书中关于功能基因组学那部分,它不仅仅是介绍基因的功能,更是阐述了如何通过各种实验和计算方法,去描绘基因之间的相互作用网络,去理解细胞内的信号传导和代谢通路。书中大量的图表和可视化分析结果,让我能够直观地感受到这些复杂过程的动态变化。我曾经尝试着去理解一些生物信息学论文,但往往因为技术壁垒而望而却步。而读了这本书之后,我发现自己能够更轻松地理解那些论文中的方法和结论。这本书对我最大的影响,是让我认识到,现代生物学研究已经不再是孤立的学科,而是需要多学科交叉融合,才能取得突破性的进展。

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书,在我看来,是一部集知识性、实用性和前瞻性于一体的杰作。它不仅仅是一本教材,更是一份关于如何理解和解析生命蓝图的指南。我之所以这么说,是因为这本书的内容非常全面,从基础的生物序列分析,到高级的基因组学、转录组学、蛋白质组学以及系统生物学,几乎涵盖了生物信息学研究的各个重要领域。它非常系统地介绍了各种分析工具和算法,并且解释了这些工具背后的原理。我尤其喜欢书中关于蛋白质功能预测和药物设计那部分,它让我看到了生物信息学是如何在疾病治疗和新药研发方面发挥着至关重要的作用。书中大量的实例分析,都是基于真实的研究项目,让我能够更深入地理解这些技术的应用场景和潜在价值。我曾经对生物信息学的一些概念感到困惑,但通过这本书的讲解,我能够清晰地理解它们之间的联系和区别。它不仅让我获得了宝贵的知识,更重要的是,它培养了我一种用数据驱动的方式去分析和解决生物学问题的能力。我感觉自己对生命科学的理解,已经上升到了一个新的水平,能够更自信地去探索这个充满奥秘的领域。

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这本书,简直就是一把解锁生命奥秘的钥匙,《Bioinformatics and Functional Genomics》这本书,它以一种极其优雅的方式,将枯燥的算法和晦涩的生物学概念融为一体,创造出一种令人着迷的学习体验。我一直认为,理解生命最重要的一点,在于理解其内在的运作机制,而生物信息学正是揭示这些机制的有力工具。这本书非常系统地介绍了各种生物信息学分析方法,从序列比对、基因预测,到蛋白质结构预测和功能分析,几乎涵盖了该领域的所有重要方面。我特别喜欢书中关于基因表达调控网络建模的章节,它让我看到了如何通过计算模拟,去理解细胞内复杂的信号传导过程,这对于理解生命体的稳态和响应机制至关重要。书中大量的图示和流程图,将复杂的分析过程变得清晰易懂,让我能够轻松地跟随作者的思路,一步步理解这些技术。我尤其欣赏作者对于研究案例的深入剖析,他们不仅仅是展示了技术的使用,更是揭示了这些技术是如何帮助科学家们发现新的生物学知识,解决重大的科学难题。读完这本书,我不仅学到了大量的生物信息学知识,更重要的是,它培养了我用数据驱动的方式去思考和解决问题的能力。这种思维方式的转变,对我日后的学习和工作都将产生深远的影响。

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上周刚刚看完,还不错,对以前东西的梳理

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很全面的一本书,介绍了生物信息学的各个方面。包括很多资源和网址。

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上周刚刚看完,还不错,对以前东西的梳理

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