本手册以基因表达序列标签（ExpressedSequenceTag，EST）的处理分析流程为主线，结合大量实例，以“跟我学”的方式较为系统地介绍了EST测序，EST数据分析平台的构建，EST的文献检索和数据库查询，EST序列的聚类组装，EST的功能分类、代谢途径及基因产物的诠释等方面所涉及的方法和常用软件。此外，还介绍了如何利用大量的网上和专业软件来从基因和蛋白质水平分析基因及其蛋白质产物的基本特性和功能。从核苷酸水平介绍了开放阅读框寻找、基因功能预测、基因结构分析、选择性剪切分析、基因多态性位点分析、基因表达调控区域分析、序列GC含量和密码子使用偏性统计，以及酶切位点和引物设计等内容。从氨基酸水平介绍了理化性质、结构域、二级结构、三级结构和系统进化等方面的分析。
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