《中国特色社会主义若干重大问题研究:十六大以来中国特色社会主义的新探索》书由三个部分共十三章构成。第一部分由第一章至第三章共三章构成。本部分包括：对全球化基本矛盾的深入发展和改革发展进入关键时期作为中国特色社会主义新探索的国际国内条件作具体分析，并对中国特色社会主义新探索可依托的国内外现代化建设的历史资源进行概括性阐述。在对我们党的思想路线形成和发展进行历史回顾的基础上，对以胡锦涛同志为总书记的党中央关于求真务实这一思想路线的新表述进行了理论分析。党的十六大以来，以胡锦涛同志为总书记的党中央从新世纪新阶段党和国家事业全局出发，基于发展观的视角，对“什么是社会主义、怎样建设社会主义”进行了一次新回答，提出了科学发展观这一重大战略思想。本部分分别从实质、核心、基本要求和根本方法等几个方面对科学发展观进行了初步解读，明确指出科学发展观是十六大以来我们党理论创新的核心成果和集中体现，对于中国特色社会主义事业的健康发展具有重大意义。

第二部分由第四章至第七章共四章构成。邓小平在开创中国特色社会主义新道路的过程中，形成了社会主义本质论、社会主义初级阶段论、社会主义市场经济论和社会主义改革开放论等四大理论成果。靳辉明教授认为，这四个理论是“中国特色社会主义的最核心的理论内容，舍此便不可能有中国特色的社会主义。它们从根本上说明，在我国现实情况下社会主义所处的阶段和对社会主义本质的认识，以及由此而提出的根本任务和实现这一战略任务的主要途径。它们是中国特色社会主义的理论支柱，对整个理论及其体系起着奠基的作用”。本部分从简要论述这四大理论基石与马克思主义基本理论的渊源关系人手，针对当前一些理论认识上的误区，分别对这四大理论基石进行再认识，并就一些错误观点作了评论。在此基础上，着重阐释了新世纪新阶段以胡锦涛同志为总书记的党中央对这四大理论基石的丰富和发展。

第三部分由第八章至第十三章共六章构成。本部分在回顾中国特色社会主义的经济建设、政治建设、文化建设、社会建设和党的建设的理论和历史的基础上，对新世纪新阶段我们党建设中国特色社会主义面临的新情况新问题进行了考察，说明了理论创新的必要性和紧迫性。着重论述了以胡锦涛同志为总书记的党中央提出的建设社会主义新农、村、建设创新型国家、建设社会主义核心价值体系、构建社会主义核心社会和加强党的先进性建设等一系列重大战略思想的理论意义。1923年3月，列宁在《宁肯少些，但要好些》一文中曾说过：“我们应该提出的不是西欧资产阶级所提出的要求，而是一个以发展成社会主义国家为宗旨的国家应该提出的恰如其分的要求。”可以说，这些重大战略思想所提出的是推动中国特色社会主义事业健康发展的恰如其分的要求。本部分分别尝试性地分析了贯彻这些重大战略思想的实践要求。

詹姆逊有过这样一句精彩的论断：“理论的更为深刻的含义不在于其自成体系，而在于它所揭示、所叙述的问题。”《中国特色社会主义若干重大问题研究:十六大以来中国特色社会主义的新探索》尽管内在有构成体系的企图，但仍然力图表示出以问题为第一位的决心。因为，中国特色社会主义一系列重大问题的解决程度，不仅关涉中国的社会主义的前途和命运，也与世界社会主义的前途和命运休戚相关。我们必须认真研究和对待这些重大问题，以推动中国特色社会主义事业健康发展，这也是《中国特色社会主义若干重大问题研究:十六大以来中国特色社会主义的新探索》要努力做的工作。