Bioenergetics and Linear Nonequalibrium Thermodynamics pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

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出版者:Replica Books

作者:Caplan, S. Roy/ Essig, Alvin

出品人:

页数:0

译者:

出版时间:

价格:45

装帧:HRD

isbn号码:9780735102514

丛书系列:

图书标签:

• Bioenergetics
• Thermodynamics
• Nonequilibrium Thermodynamics
• Biological Physics
• Systems Biology
• Energy Metabolism
• Chemical Thermodynamics
• Biochemistry
• Physical Chemistry
• Complex Systems

能量转化与生命过程的物理化学基础 一部深入探索生命系统能量学与动力学的专著 本书旨在为生物物理学家、生物化学家以及对复杂系统非平衡态热力学感兴趣的研究人员提供一个全面而深入的视角，探讨生命体内部复杂的能量转化机制及其在非平衡态下的动力学行为。我们摒弃了对经典平衡热力学框架的过度依赖，转而聚焦于生命系统这一本质上处于稳态远端的开放、耗散系统。 全书结构清晰，逻辑严谨，内容涵盖了从分子层面到细胞器层面，乃至整个生物体层面的能量流动与信息的传递。我们首先奠定了理论基础，详细阐述了非平衡态热力学（NET）的核心概念，特别是关于最小熵产生原理（The Principle of Minimum Entropy Production）在描述稳态或稳态附近开放系统行为时的适用性与局限性。我们深入剖析了Onsager 倒易关系在描述线性耦合过程中的重要性，并讨论了如何将其推广至非线性区域，这对于理解代谢网络中的反馈调节至关重要。 第一部分：能量转化的微观基础与动力学描述 本部分着重于将热力学概念转化为可操作的分子动力学语言。我们详细考察了生物分子机器（如ATP合酶、光合作用反应中心）如何充当能量换能器。 1. 耦合机制与自由能梯度： 书中详细分析了化学势差如何驱动生物过程。我们使用化学反应网络理论（Chemical Reaction Network Theory, CRNT）的框架，来描述反应速率方程的结构。重点讨论了法诺-莱昂哈特（Fano-Leonehart）速率模型在描述酶催化循环中的应用，特别是如何量化功的提取效率。我们引入了拉格朗日乘子法来处理多重约束条件下的能量分配问题，这在分析细胞膜离子泵的协同工作时具有实际意义。 2. 随机过程与涨落： 生命系统远非确定性机器，热噪声和分子运动导致的随机性是其固有特征。我们花了大量的篇幅来介绍朗之万方程在描述单分子运动和稀有事件（如基因转录的起始）中的应用。通过福克-普朗克方程，我们推导了在存在随机驱动力下的稳态概率分布，这对于理解细胞如何利用噪声来优化其决策过程至关重要。特别是对陷阱理论（Trapping Theory）的深入探讨，揭示了酶活性中心捕获底物并完成催化的时间尺度。 3. 膜电位与跨膜运输： 细胞膜是能量转换的关键场所。本书不仅回顾了能斯特方程和吉布斯-唐南平衡，更侧重于电路理论在生物膜上的应用。我们详细构建了电化学势梯度（Electrochemical Potential Gradient）作为驱动力，利用麦克斯韦-莫滕森关系来分析跨膜离子通道的非线性电流-电压特性，并将其与膜周ATP水解耦合。这部分内容包含了对布朗运动在膜扩散中的修正项的详细计算。 第二部分：宏观耗散系统与代谢网络的热力学 第二部分将视角提升到细胞器和整个代谢网络的层面，探讨如何使用热力学工具来理解和控制复杂的生物网络。 1. 代谢流分析： 我们超越了简单的质量平衡，引入了通量平衡分析（Flux Balance Analysis, FBA）的热力学约束。本书强调了代谢控制理论（Metabolic Control Analysis, MCA）的热力学基础，特别是弹性系数（Elasticity Coefficients）如何与非平衡态下的速率常数相关联。我们展示了如何通过计算代谢图的拓扑结构，识别出那些对系统整体熵产生速率贡献最大的关键酶。 2. 耗散结构与自组织： 借鉴普里高津的工作，我们探讨了代谢网络中自组织现象的出现条件。详细分析了振荡反应（如Bray-Liebhafsky反应的生物学类比）如何在大分子浓度失衡时产生，这些振荡是系统远离平衡态的明确标志。我们引入了有序参数（Order Parameters）的概念来描述细胞状态的转变，例如从增殖到分化的热力学驱动力。 3. 能量成本与信息熵： 生命系统的运行必须付出能量代价。我们量化了信息处理（如DNA复制、蛋白质合成）的Landauer原理下限，并将其与实际生物过程中的能量泄漏进行了对比分析。重点在于探讨细胞如何通过优化能量效率来应对随机环境扰动，这涉及到对效率-稳定性权衡的深入讨论。 第三部分：系统级耦合与生物热力学前沿 最后一部分关注跨尺度、跨层次的能量耦合，并展望了该领域的未来方向。 1. 耦合效率与能量分配： 在多酶级联反应中，能量的传递效率并非恒定。我们应用矩阵方法分析了多级耦合系统中的能量耗散路径，并提出了“能级匹配”的概念，即生物系统如何调整中间产物的化学势以最大化最终产物的生成速率，同时最小化热损耗。这部分包含对非加性效应（Non-additive Effects）的定量描述。 2. 生物系统的涌现特性： 我们探讨了在从分子到细胞的尺度放大过程中，能量学性质如何“涌现”。例如，细胞器间的协同作用（如线粒体与内质网的钙离子交换）如何形成一个比单个组件更有效的热力学机器。我们使用图论工具分析了这些耦合网络的连通性和鲁棒性，并将其与系统的整体能量效能联系起来。 3. 结论与展望： 本书最后总结了当前生物热力学研究面临的主要挑战，包括对瞬态过程的准确测量、对非线性动力学的解析建模，以及如何将量子效应纳入耗散系统描述。我们强调，理解生命本质，必须深入到其能量转化的物理极限之中。 本书内容翔实，包含大量原创性的模型推导和对经典实验数据的热力学再诠释，旨在为读者提供一个坚实的理论框架，以应对未来生物物理学中对复杂能量系统建模的需求。书中穿插了大量的数学推导和图形示例，确保概念的严谨性和可理解性。

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