第一部分 入門
第1章　R語言介紹　　3
1.1　為何要使用R　　4
1.2　R的獲取和安裝　　6
1.3　R的使用　　6
1.3.1　新手上路　　7
1.3.2　獲取幫助　　10
1.3.3　工作空間　　10
1.3.4　輸入和輸齣　　12
1.4　包　　13
1.4.1　什麼是包　　14
1.4.2　包的安裝　　14
1.4.3　包的載入　　14
1.4.4　包的使用方法　　14
1.5　批處理　　15
1.6　將輸齣用為輸入：結果的重用　　16
1.7　處理大數據集　　16
1.8　示例實踐　　16
1.9　小結　　18
第2章　創建數據集　　19
2.1　數據集的概念　　19
2.2　數據結構　　20
2.2.1　嚮量　　21
2.2.2　矩陣　　22
2.2.3　數組　　23
2.2.4　數據框　　24
2.2.5　因子　　27
2.2.6　列錶　　28
2.3　數據的輸入　　30
2.3.1　使用鍵盤輸入數據　　31
2.3.2　從帶分隔符的文本文件導入數據　　32
2.3.3　導入Excel數據　　35
2.3.4　導入XML數據　　36
2.3.5　從網頁抓取數據　　36
2.3.6　導入SPSS數據　　36
2.3.7　導入SAS數據　　37
2.3.8　導入Stata數據　　37
2.3.9　導入NetCDF數據　　38
2.3.10　導入HDF5數據　　38
2.3.11　訪問數據庫管理係統　　38
2.3.12　通過Stat/Transfer導入數據　　40
2.4　數據集的標注　　40
2.4.1　變量標簽　　40
2.4.2　值標簽　　41
2.5　處理數據對象的實用函數　　41
2.6　小結　　42
第3章　圖形初階　　 43
3.1　使用圖形　　43
3.2　一個簡單的例子　　45
3.3　圖形參數　　46
3.3.1　符號和綫條　　47
3.3.2　顔色　　 49
3.3.3　文本屬性　　50
3.3.4　圖形尺寸與邊界尺寸　　51
3.4　添加文本、自定義坐標軸和圖例　　53
3.4.1　標題　　 54
3.4.2　坐標軸　　54
3.4.3　參考綫　　56
3.4.4　圖例　　57
3.4.5　文本標注　　58
3.4.6　數學標注　　60
3.5　圖形的組閤　　61
3.6　小結　　67
第4章　基本數據管理　　68
4.1　一個示例　　68
4.2　創建新變量　　70
4.3　變量的重編碼　　71
4.4　變量的重命名　　72
4.5　缺失值　　74
4.5.1　重編碼某些值為缺失值　　74
4.5.2　在分析中排除缺失值　　75
4.6　日期值　　76
4.6.1　將日期轉換為字符型變量　　77
4.6.2　更進一步　　78
4.7　類型轉換　　78
4.8　數據排序　　79
4.9　數據集的閤並　　79
4.9.1　嚮數據框添加列　　79
4.9.2　嚮數據框添加行　　80
4.10　數據集取子集　　80
4.10.1　選入（保留）變量　　80
4.10.2　剔除（丟棄）變量　　81
4.10.3　選入觀測　　82
4.10.4　subset()函數　　82
4.10.5　隨機抽樣　　83
4.11　使用SQL語句操作數據框　　83
4.12　小結　　84
第5章　高級數據管理　　85
5.1　一個數據處理難題　　85
5.2　數值和字符處理函數　　86
5.2.1　數學函數　　86
5.2.2　統計函數　　87
5.2.3　概率函數　　90
5.2.4　字符處理函數　　92
5.2.5　其他實用函數　　94
5.2.6　將函數應用於矩陣和數據框　　95
5.3　數據處理難題的一套解決方案　　96
5.4　控製流　　100
5.4.1　重復和循環　　100
5.4.2　條件執行　　101
5.5　用戶自編函數　　102
5.6　整閤與重構　　104
5.6.1　轉置　　104
5.6.2　整閤數據　　105
5.6.3　reshape2包　　106
5.7　小結　　108
第二部分 基本方法
第6章　基本圖形　　110
6.1　條形圖　　110
6.1.1　簡單的條形圖　　111
6.1.2　堆砌條形圖和分組條形圖　　112
6.1.3　均值條形圖　　113
6.1.4　條形圖的微調　　114
6.1.5　棘狀圖　　115
6.2　餅圖　　116
6.3　直方圖　　118
6.4　核密度圖　　120
6.5　箱綫圖　　122
6.5.1　使用並列箱綫圖進行跨組比較　　 123
6.5.2　小提琴圖　　125
6.6　點圖　　127
6.7　小結　　129
第7章　基本統計分析　　130
7.1　描述性統計分析　　131
7.1.1　方法雲集　　131
7.1.2　更多方法　　132
7.1.3　分組計算描述性統計量　　134
7.1.4　分組計算的擴展　　135
7.1.5　結果的可視化　　137
7.2　頻數錶和列聯錶　　137
7.2.1　生成頻數錶　　137
7.2.2　獨立性檢驗　　143
7.2.3　相關性的度量　　144
7.2.4　結果的可視化　　145
7.3　相關　　145
7.3.1　相關的類型　　145
7.3.2　相關性的顯著性檢驗　　147
7.3.3　相關關係的可視化　　149
7.4　t 檢驗　　 149
7.4.1　獨立樣本的t 檢驗　　150
7.4.2　非獨立樣本的t檢驗　　151
7.4.3　多於兩組的情況　　151
7.5　組間差異的非參數檢驗　　152
7.5.1　兩組的比較　　152
7.5.2　多於兩組的比較　　153
7.6　組間差異的可視化　　155
7.7　小結　　155
第三部分 中級方法
第8章　迴歸　　158
8.1　迴歸的多麵性　　159
8.1.1　OLS迴歸的適用情境　　159
8.1.2　基礎迴顧　　160
8.2　OLS迴歸　　160
8.2.1　用lm()擬閤迴歸模型　　161
8.2.2　簡單綫性迴歸　　163
8.2.3　多項式迴歸　　164
8.2.4　多元綫性迴歸　　167
8.2.5　有交互項的多元綫性迴歸　　169
8.3　迴歸診斷　　171
8.3.1　標準方法　　172
8.3.2　改進的方法　　175
8.3.3　綫性模型假設的綜閤驗證　　181
8.3.4　多重共綫性　　181
8.4　異常觀測值　　182
8.4.1　離群點　　182
8.4.2　高杠杆值點　　182
8.4.3　強影響點　　184
8.5　改進措施　　186
8.5.1　刪除觀測點　　186
8.5.2　變量變換　　187
8.5.3　增刪變量　　188
8.5.4　嘗試其他方法　　188
8.6　選擇“最佳”的迴歸模型　　189
8.6.1　模型比較　　189
8.6.2　變量選擇　　190
8.7　深層次分析　　193
8.7.1　交叉驗證　　193
8.7.2　相對重要性　　195
8.8　小結　　197
第9章　方差分析　　 198
9.1　術語速成　　198
9.2　ANOVA模型擬閤　　201
9.2.1　aov()函數　　201
9.2.2　錶達式中各項的順序　　202
9.3　單因素方差分析　　203
9.3.1　多重比較　　204
9.3.2　評估檢驗的假設條件　　206
9.4　單因素協方差分析　　208
9.4.1　評估檢驗的假設條件　　209
9.4.2　結果可視化　　210
9.5　雙因素方差分析　　211
9.6　重復測量方差分析　　214
9.7　多元方差分析　　217
9.7.1　評估假設檢驗　　218
9.7.2　穩健多元方差分析　　220
9.8　用迴歸來做ANOVA　　220
9.9　小結　　222
第10章　功效分析　　223
10.1　假設檢驗速覽　　223
10.2　用pwr包做功效分析　　225
10.2.1　t檢驗　　226
10.2.2　方差分析　　228
10.2.3　相關性　　228
10.2.4　綫性模型　　229
10.2.5　比例檢驗　　230
10.2.6　卡方檢驗　　231
10.2.7　在新情況中選擇閤適的效應值　　232
10.3　繪製功效分析圖形　　233
10.4　其他軟件包　　235
10.5　小結　　236
第11章　中級繪圖　　237
11.1　散點圖　　238
11.1.1　散點圖矩陣　　240
11.1.2　高密度散點圖　　242
11.1.3　三維散點圖　　244
11.1.4　鏇轉三維散點圖　　247
11.1.5　氣泡圖　　248
11.2　摺綫圖　　250
11.3　相關圖　　253
11.4　馬賽剋圖　　258
11.5　小結　　260
第12章　重抽樣與自助法　　261
12.1　置換檢驗　　261
12.2　用coin包做置換檢驗　　263
12.2.1　獨立兩樣本和K 樣本檢驗　　264
12.2.2　列聯錶中的獨立性　　266
12.2.3　數值變量間的獨立性　　266
12.2.4　兩樣本和K 樣本相關性檢驗　　267
12.2.5　深入探究　　267
12.3　lmPerm包的置換檢驗　　267
12.3.1　簡單迴歸和多項式迴歸　　268
12.3.2　多元迴歸　　269
12.3.3　單因素方差分析和協方差分析　　270
12.3.4　雙因素方差分析　　271
12.4　置換檢驗點評　　271
12.5　自助法　　272
12.6　boot包中的自助法　　272
12.6.1　對單個統計量使用自助法　　274
12.6.2　多個統計量的自助法　　276
12.7　小結　　278
第四部分 高級方法
第13章　廣義綫性模型　　280
13.1　廣義綫性模型和glm()函數　　281
13.1.1　glm()函數　　281
13.1.2　連用的函數　　282
13.1.3　模型擬閤和迴歸診斷　　283
13.2　Logistic迴歸　　284
13.2.1　解釋模型參數　　286
13.2.2　評價預測變量對結果概率的影響　　287
13.2.3　過度離勢　　288
13.2.4　擴展　　289
13.3　泊鬆迴歸　　289
13.3.1　解釋模型參數　　291
13.3.2　過度離勢　　292
13.3.3　擴展　　294
13.4　小結　　295
第14章　主成分分析和因子分析　　296
14.1　R 中的主成分和因子分析　　297
14.2　主成分分析　　 298
14.2.1　判斷主成分的個數　　298
14.2.2　提取主成分　　300
14.2.3　主成分鏇轉　　303
14.2.4　獲取主成分得分　　304
14.3　探索性因子分析　　305
14.3.1　判斷需提取的公共因子數　　306
14.3.2　提取公共因子　　307
14.3.3　因子鏇轉　　308
14.3.4　因子得分　　312
14.3.5　其他與EFA相關的包　　312
14.4　其他潛變量模型　　312
14.5　小結　　313
第15章　時間序列　　315
15.1　在R中生成時序對象　　317
15.2　時序的平滑化和季節性分解　　319
15.2.1　通過簡單移動平均進行平滑處理　　319
15.2.2　季節性分解　　321
15.3　指數預測模型　　326
15.3.1　單指數平滑　　326
15.3.2　Holt指數平滑和Holt-Winters指數平滑　　 329
15.3.3　ets()函數和自動預測　　331
15.4　ARIMA 預測模型　　333
15.4.1　概念介紹　　333
15.4.2　ARMA和ARIMA模型　　334
15.4.3　ARIMA的自動預測　　339
15.5　延伸閱讀　　340
15.6　小結　　340
第16章　聚類分析　　342
16.1　聚類分析的一般步驟　　343
16.2　計算距離　　344
16.3　層次聚類分析　　345
16.4　劃分聚類分析　　350
16.4.1　K均值聚類　　350
16.4.2　圍繞中心點的劃分　　354
16.5　避免不存在的類　　356
16.6　小結　　359
第17章　分類　　360
17.1　數據準備　　361
17.2　邏輯迴歸　　362
17.3　決策樹　　363
17.3.1　經典決策樹　　364
17.3.2　條件推斷樹　　366
17.4　隨機森林　　368
17.5　支持嚮量機　　370
17.6　選擇預測效果最好的解　　374
17.7　用rattle包進行數據挖掘　　376
17.8　小結　　381
第18章　處理缺失數據的高級方法　　382
18.1　處理缺失值的步驟　　383
18.2　識彆缺失值　　384
18.3　探索缺失值模式　　385
18.3.1　列錶顯示缺失值　　385
18.3.2　圖形探究缺失數據　　386
18.3.3　用相關性探索缺失值　　389
18.4　理解缺失數據的來由和影響　　391
18.5　理性處理不完整數據　　 391
18.6　完整實例分析（行刪除）　　392
18.7　多重插補　　394
18.8　處理缺失值的其他方法　　397
18.8.1　成對刪除　　398
18.8.2　簡單（非隨機）插補　　398
18.9　小結　　399
第五部分 技能拓展
第19章　使用ggplot2進行高級繪圖　　402
19.1　R 中的四種圖形係統　　402
19.2　ggplot2包介紹　　403
19.3　用幾何函數指定圖的類型　　407
19.4　分組　　411
19.5　刻麵　　413
19.6　添加光滑麯綫　　416
19.7　修改ggplot2圖形的外觀　　418
19.7.1　坐標軸　　419
19.7.2　圖例　　420
19.7.3　標尺　　421
19.7.4　主題　　423
19.7.5　多重圖　　425
19.8　保存圖形　　426
19.9　小結　　426
第20章　高級編程　　427
20.1　R 語言迴顧　　427
20.1.1　數據類型　　427
20.1.2　控製結構　　433
20.1.3　創建函數　　436
20.2　環境　　437
20.3　麵嚮對象的編程　　439
20.3.1　泛型函數　　439
20.3.2　S3模型的限製　　441
20.4　編寫有效的代碼　　442
20.5　調試　　445
20.5.1　常見的錯誤來源　　445
20.5.2　調試工具　　446
20.5.3　支持調試的會話選項　　448
20.6　深入學習　　451
20.7　小結　　451
第21章　創建包　　452
21.1　非參分析和npar包　　453
21.2　開發包　　457
21.2.1　計算統計量　　457
21.2.2　打印結果　　460
21.2.3　匯總結果　　461
21.2.4　繪製結果　　463
21.2.5　添加樣本數據到包　　464
21.3　創建包的文檔　　466
21.4　建立包　　467
21.5　深入學習　　471
21.6　小結　　471
第22章　創建動態報告　　472
22.1　用模版生成報告　　474
22.2　用R和Markdown創建動態報告　　475
22.3　用R和LaTeX創建動態報告　　480
22.4　用R和Open Document創建動態報告　　483
22.5　用R和Microsoft Word創建動態報告　　485
22.6　小結　　489
第23章　使用lattice進行高級繪圖　　490
23.1　lattice包　　490
23.2　調節變量　　494
23.3　麵闆函數　　495
23.4　分組變量　　498
23.5　圖形參數　　502
23.6　自定義圖形條帶　　503
23.7　頁麵布局　　504
23.8　深入學習　　507
附錄A　圖形用戶界麵　　508
附錄B　自定義啓動環境　　511
附錄C　從R中導齣數據　　513
附錄D　R中的矩陣運算　　515
附錄E　本書中用到的擴展包　　517
附錄F　處理大數據集　　522
附錄G　更新R　　526
後記：探索R的世界　　528
參考文獻　　530
· · · · · · (收起)