第一捲第一冊：羅明堅《天主聖教實錄》
第二冊：利瑪竇《天主實義》
第三冊：利瑪竇《畸人十篇》
第四冊：利瑪竇《辯學遺牘》
第五冊：利瑪竇《交友論》
第六冊：利瑪竇《二十五言》
第七冊：艾儒略《三山論學》
第八冊：艾儒略《萬物真原》
第九冊：艾儒略、盧安德、林本篤、瞿西滿《口鐸日抄》
第十冊：艾儒略《天主降生言行紀略》
第十一冊：艾儒略《天主降生引義》
第二捲第十二冊：龐迪我《天主實義續篇》
第十三冊：孟儒望《天學略義》
第十四冊：馬若瑟《儒教實義》
第十五冊：利安當《天儒印》
第十六冊：湯若望《主製群徵》
第十七冊：利類思《不得已辯》
第十八冊：南懷仁《善惡報略說》
第十九冊：白晉《古今敬天鑒》
第二十冊：沙守信《真道自證》
第二十一冊：郭納爵《燭俗迷篇》
第二十二冊：馮秉正《盛世芻蕘》
第二十三冊：陸銘恩《釋客問》
第三捲第二十四冊：徐光啓《闢妄》
附一：徐光啓《答鄉人書》
附二：雷翀《天闢邪事》
第二十五冊：徐光啓《辯學疏稿》
第二十六冊：徐文定公譯《破迷》
第二十七冊：楊廷筠[52]《天釋明辨》
第二十八冊：楊廷筠《鴞鸞不並鳴說》
第二十九冊：楊廷筠《代疑篇》
第三十冊：楊廷筠《代疑續篇》
第三十一冊：硃宗元《答客問》
第三十二冊：硃宗元《拯世略說》
第三十三冊：劉凝等《覺斯錄》
第三十四冊：王徵《畏天愛人極論》
第三十五冊：韓霖、段袞《辨教論》
第三十六冊：張星曜、洪濟《闢略說條駁》
第三十七冊：張星曜《天儒同異考》
第四捲第三十八冊：嚴謨《天帝考》
第三十九冊：李祖白《天學傳概》
第四十冊：邵輔忠《天學說》
第四十一冊：韓霖、張賡《聖教信證》
第四十二冊：何世貞《崇正必辯》
第四十三冊：羅廣平《醒迷篇》
第四十四冊：陳渟《開天寶鑰》
第四十五冊：無名氏《儒交信》
第四十六冊：無名氏《論釋氏之非》
味德子《闢輪迴非理之正》
任齋主人《問釋氏言輪迴》
無名氏《醒世問篇》
蘇若望《天主聖教約言》
文度辣《聖教要訓》
何大華《天主聖教濛引》
陸泰然[92]《（天主）聖教攝言》
王豐肅[94]《教要解略》
第四十七冊：無名氏《辯誣》
第四十八冊：無名氏《天主教辯疑》
第四十九冊：無名氏“聖教要緊的道禮”等
第五十冊：無名氏《聖教理證》
第五十一冊：無名氏《闢誣編》
第五十二冊：無名氏《一目瞭然》
第五十三冊：張雅各伯《邪正理考簡言》
第五十四冊：無名氏《闢邪歸正》
第五十五冊：無名氏“論上帝之有無”等
第五十六冊：艾約瑟迪謹《釋教正謬》
第五捲第五十七冊：徐昌治《破邪集》
第五十八冊：鍾始聲《闢邪集》
第五十九冊：楊光先《不得已》
第六十冊：“天下第一傷心人”《闢邪紀實》
附錄：鄭安德《明末清初天主教和佛教辯論資料選》
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