生物芯片技术与实践

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出版者:科学
作者:(英)史蒂夫·拉塞尔//莉萨·梅多斯//罗斯林·拉塞尔|译者
出品人:
页数:329
译者:
出版时间:2010-5
价格:80.00元
装帧:
isbn号码:9787030270832
丛书系列:
图书标签:
  • 生物芯片
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具体描述

《生物芯片技术与实践》内容简介:来自英国剑桥大学的三位作者引用了大量的研究文献,阐述了生物芯片技术的最新进展,比较全面地覆盖了生物芯片的各个领域,使这项前沿技术不再神秘。《生物芯片技术与实践》概括总结了生物芯片的实验基础、设计和制备、用于生物芯片实验的样本采集和标记、生物芯片杂交等最新实验方法。

详细讨论了生物芯片实验技术所产生的大量数据的分析方法,以及利用生物芯片所产生的数据进行差异分析、聚类和分类的科学方法。

对使用比较广泛的几种生物芯片,如基因组生物芯片、外显子生物芯片、叠瓦生物芯片等,进行了有关探针设计和实验方法的详细介绍。

以生物芯片在医学上的应用为重点,论述了不同种类的生物芯片在疾病研究、基因分型、药物开发等领域的应用。

介绍了蛋白质芯片、细胞芯片和组织芯片等多种新型生物芯片的制备和应用。

《生物芯片技术与实践》适用于生物芯片研发应用以及分子生物学、生物化学与细胞生物学、生物信息学、系统生物学、生物医学工程、生物技术、食品安全检测等生命科学相关领域的学生、教学科研人员参考使用,也可供生物技术企业的研发者和决策者参考使用。

微电子学原理与器件 一、本书概览与定位 本书《微电子学原理与器件》是一部全面、深入探讨现代微电子技术基础理论、关键器件物理机制及其集成应用的高级教材与专业参考书。本书旨在为电子工程、材料科学、物理学以及相关交叉学科的高年级本科生、研究生以及致力于半导体技术研发与工程应用的专业人士,提供一个系统化、结构化的知识框架,使其能够透彻理解微电子世界运行的底层逻辑。 本书的撰写立足于物理学的基本定律,层层递进,从宏观的半导体材料特性引入,逐步深入到微观的量子效应、器件的电学特性建模,最终涵盖现代集成电路制造工艺的核心挑战。我们避免了对具体应用(如生物传感、特定芯片设计)的描述,而是专注于构成所有现代电子设备基石的——半导体物理与器件物理的本质。 二、内容结构与深度剖析 全书共分为六大部分,二十章,力求在理论的严谨性与工程的实用性之间找到最佳平衡点。 第一部分:半导体物理基础 (The Fundamentals of Semiconductor Physics) 本部分是理解后续所有微电子器件工作原理的基石。 1. 晶体结构与能带理论: 详述晶体结构对电子波函数的影响,重点阐述周期性势场下的电子能带的形成过程,包括有效质量概念的引入及其物理意义。区分直接带隙与间接带隙材料的特性。 2. 载流子输运现象: 深入分析半导体内的基本输运机制,包括漂移(Drift)和扩散(Diffusion)。详细推导欧姆定律在半导体中的微观基础,并探讨在非平衡状态下,载流子的产生与复合过程,例如光生载流子的行为。 3. 掺杂与费米能级: 系统阐述施主(Donor)和受主(Acceptor)杂质的电离过程,准确计算本征载流子浓度、N型和P型半导体的载流子浓度,并精确定义和利用费米能级在热平衡和非平衡条件下的位置来描述半导体状态。 第二部分:PN结的物理与特性 (Physics and Characteristics of the PN Junction) PN结是所有二极管和晶体管的基础单元。 1. 平衡态与能带图: 详细分析PN结的形成过程,包括内建电场、耗尽区宽度及其随掺杂浓度的变化关系。利用能带图精确描述空间电荷区的物理状态。 2. PN结的伏安特性: 推导理想二极管方程(Shockley方程),并深入分析其背后的机制——热载流子扩散电流。重点讨论低频、高频下的非理想效应,如极高反向偏压下的雪崩击穿和齐纳击穿的物理机制。 3. 存储时间与开关特性: 探讨少子寿命对PN结开关速度的限制,定义并计算存储时间(Storage Time),这对于高速开关应用至关重要。 第三部分:双极型晶体管 (Bipolar Junction Transistors - BJT) 本部分聚焦于电流控制型器件——BJT的精密分析。 1. BJT的结构与工作区: 介绍NPN和PNP结构,并精确划分其工作模式(截止、放大、饱和)。 2. Ebers-Moll模型与混合参数模型: 详细推导Ebers-Moll模型方程,揭示其内在的物理关联。引入混合参数模型(h-参数)用于小信号交流分析,重点分析晶体管的电流增益 $eta$ 及其频率响应特性,如 $alpha$ 截止频率 $f_T$ 的物理限制。 3. 高频与热效应: 分析集电极注入效率、迁移时间对晶体管性能的限制,并讨论热点(Hot Spot)的产生机制及其对器件可靠性的影响。 第四部分:金属氧化物半导体场效应晶体管 (MOSFETs) 这是现代集成电路的核心。 1. MOS结构分析: 从最基础的理想MOS结构出发,详细分析其在不同偏压下的工作状态:强反型、弱反型和积累态。重点阐述阈值电压 $V_{th}$ 的精确计算,包括其对栅氧化层厚度、氧化物电荷和表面态的依赖性。 2. MOSFET的工作原理与I-V特性: 深入推导晶体管在饱和区和线性区(欧姆区)的漏极电流方程。特别关注亚阈值区的对数线性关系,并解释其亚阈值摆幅(Subthreshold Swing)的物理极限。 3. 短沟道效应与载流子饱和: 详细剖析随着特征尺寸缩小,沟道长度调制(Channel Length Modulation)、DIBL(Drain-Induced Barrier Lowering)等短沟道效应的物理起源及其对晶体管特性的恶化作用。 第五部分:集成电路制造工艺基础 (Foundations of IC Fabrication) 本部分介绍实现上述器件所需的关键物理和化学过程。 1. 半导体材料制备与外延生长: 概述单晶硅的生长技术(如Czochralski法),以及化学气相沉积(CVD)在形成高质量薄膜中的作用。 2. 光刻技术与薄膜沉积: 详述光刻过程中关键的光刻胶性能、曝光原理和化学显影过程。介绍物理气相沉积(PVD)和化学气相沉积(CVD)在金属、绝缘层和半导体薄膜沉积中的应用与机理。 3. 掺杂技术与刻蚀: 重点分析离子注入技术,包括注入能级对杂质分布的影响(如高斯分布)。对比干法刻蚀(如反应离子刻蚀 RIE)和湿法刻蚀的物理差异、选择性以及对器件形貌的影响。 第六部分:新型器件与可靠性考量 本部分探讨了超越传统CMOS的物理挑战与未来方向。 1. 沟道工程与高迁移率材料: 讨论SOI结构(硅上绝缘体)对消除短沟道效应的贡献。探讨应变硅(Strained Silicon)技术如何通过应变工程提高载流子迁移率。 2. 器件可靠性物理: 聚焦于影响长期稳定性的关键物理问题,如栅氧化层的介质击穿(TDDB)的统计模型、热载流子注入(HCI)导致的阈值电压漂移机制,以及金属导线的电迁移(Electromigration)现象及其寿命预测。 三、本书的特色 本书的讲解风格高度注重物理图像的建立。我们避免了仅仅罗列工程公式,而是致力于解释每一个参数背后所代表的真实物理过程——例如,解释为什么费米能级在PN结处必须弯曲,而不是简单地声称“电势势垒存在”。所有关键公式的推导均采用严格的边界条件和物理假设,确保读者能够从第一性原理出发理解器件的局限性。本书中的图表设计旨在清晰展示能带结构、电场分布和载流子密度随空间和电势的变化,是理解微电子学复杂概念的有力工具。 本书不涉及任何关于特定计算方法、算法优化、或任何与“生物”、“芯片设计流程”等应用领域相关的具体技术细节。其核心焦点始终聚焦于半导体材料的本征物理特性和由此衍生出的电子器件的工作机理。

作者简介

目录信息

译者序前言和致谢第一章 引言 1.1 技术介绍 1.2 发展概况 1.3 简要概述 参考文献第二章 实验设计基础 2.1 生物芯片基因表达测量中的变异来源 2.2 对照和重复 2.3 实验设计 2.4 小结 参考文献第三章 生物芯片的设计和制备 3.1 探针的选择 3.2 cDNA和扩增产物探针 3.3 寡核苷酸探针 3.4 生物芯片的制备 3.5 小结 参考文献第四章 样本收集和标记 4.1 样本收集和RNA提取 4.2 RNA的质量评价 4.3 cDNA的合成 4.4 标记方法 4.5 信号放大 4.6 RNA扩增 4.7 扩增方法的比较 4.8 荧光标记样本的质量控制 4.9 小结 参考文献第五章 杂交和扫描 5.1 杂交 5.2 数据获取 5.3 信号点定位 5.4 方法比较 5.5 数据提取 5.6 质量控制基本要求 5.7 小结 参考文献第六章 数据预处理 6.1 预处理基本原理 6.2 系统误差的来源 6.3 背景校正 6.4 数据过滤、标记和加权 6.5 缺失值的处理 6.6 数据转换 6.7 空间效应的处理 6.8 Print-Tip Group Loess归一化 6.9 二维(2D)Loess 6.10 复合Loess归一化 6.11 加权Loess归一化 6.12 使用重复探针增强归一化效果 6.13 “片间”归一化 6.14 关于质控的其他注意事项 6.15 生物芯片质量控制协会(MAQC) 6.16 外源RNA对照协会(ERCC) 6.17 EMERALD协会 6.18 Affymetrix GeneChip数据的预处理 6.19 探针校正和整合 6.20 背景校正 6.21 归一化 6.22 小结 参考文献第七章 差异表达 7.1 引言 7.2 统计学推断 7.3 参数统计 7.4 生物芯片数据的线性模型(LIMMA) 7.5 非参数统计 7.6 基因-类别检验 7.7 小结 参考文献第八章 聚类和分类 8.1 引言 8.2 相似性度量 8.3 无监督分析方法:聚类和分区 8.4 评价聚类质量 8.5 维数减少 8.6 有监督的方法 8.7 模型质量评价 8.8 小结 参考文献第九章 生物芯片数据的存储和数据仓 9.1 引言 9.2 ArrayExpress数据库 9.3 Gene Expression Omnibus(GEO) 9.4 其他数据存储和数据仓 9.5 小结 参考文献第十章 基因组芯片分析 10.1 基因组芯片 10.2 外显子芯片 10.3 叠瓦芯片 10.4 扩增子及BAC芯片 10.5 寡核苷酸叠瓦芯片 10.6 叠瓦芯片的应用 10.7 叠瓦芯片的分析 10.8 小结 参考文献第十一章 生物芯片技术在医学中的应用 11.1 引言 11.2 病原体研究:疟疾 11.3 人类疾病表达谱研究 11.4 比较基因组杂交芯片 11.5 SNPS和基因分型 11.6 小结 参考文献第十二章 其他种类的生物芯片技术 12.1 蛋白质结合芯片 12.2 细胞和组织芯片 12.3 蛋白质芯片 12.4 小结 参考文献第十三章 生物芯片的未来与展望 13.1 生物芯片技术 13.2 标记和检测技术 13.3 成像技术 13.4 分析技术 参考文献索引
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读后感

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用户评价

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我一直对基因编辑技术在基础研究和应用开发中的突破性进展感到着迷,特别是CRISPR-Cas9系统的出现,极大地简化和提高了基因编辑的效率和特异性。我非常希望这本书能够系统地介绍基因编辑技术的原理,包括CRISPR-Cas9系统的工作机制,如sgRNA的设计、Cas9酶的作用,以及如何引导Cas9对目标DNA进行切割。我期待书中能够详细阐述CRISPR-Cas9技术在不同生物体中的应用,例如在哺乳动物细胞中进行基因敲除、敲入、敲除等操作,以及其在植物育种、疾病模型构建等方面的潜力。此外,我也对基因编辑技术的安全性、脱靶效应及其规避策略非常感兴趣。希望书中能够提供关于如何设计高效且低脱靶效应的sgRNA的指南,以及一些评估和验证脱靶效应的方法。我对基因编辑技术在治疗遗传性疾病方面的应用前景也充满期待,比如通过纠正致病基因来治疗囊性纤维化、镰状细胞贫血等疾病。书中是否会介绍相关的临床试验进展,或者探讨基因编辑技术在药物研发中的应用,例如构建优良的细胞模型来筛选候选药物。我希望能够通过这本书,深入理解基因编辑技术的科学原理,掌握其基本操作流程,并对其在未来生命科学和医学领域的应用前景有一个全面的认识。

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我一直对分子诊断技术在疾病早期发现、精准治疗以及传染病监测中的重要作用深感钦佩,并期待书中能够详尽介绍各种先进的分子诊断方法及其在临床实践中的应用。我非常希望书中能够涵盖PCR(聚合酶链式反应)技术的原理及其在核酸检测中的广泛应用,比如定量PCR(qPCR)如何实现对目标DNA或RNA的精确量化,以及数字PCR(dPCR)如何提供更高的灵敏度和准确性。此外,我也对基于微阵列和二代测序的基因检测技术在遗传性疾病诊断、肿瘤基因分型等方面的应用非常感兴趣。我期待书中能够深入讲解如何利用这些技术来识别病原体、检测致病基因突变、以及评估个体对药物的反应。我尤其关注书中是否会介绍一些新兴的分子诊断技术,比如等温扩增技术、纳米技术在分子诊断中的应用,以及液体活检技术在癌症早期筛查和监测中的潜力。我希望书中能够提供一些关于分子诊断实验设计、样本处理、结果解读的指导,并结合具体的临床案例,展示这些技术如何帮助医生做出更精准的诊断和治疗决策。我希望通过这本书,能够全面了解分子诊断技术的最新进展,并认识到它在改善人类健康方面所扮演的关键角色。

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这本书的封面设计着实吸引人,那种淡雅的色彩搭配,上面印着精密的芯片图样,瞬间就勾起了我这个生物技术爱好者对内容的好奇心。翻开扉页,首先映入眼帘的是作者团队的介绍,看到他们来自国内顶尖的科研机构,并且在相关领域深耕多年,这让我对接下来的内容充满了信心。我一直对微流控芯片在疾病诊断中的应用非常感兴趣,特别是它如何实现微量样本的快速、高效分析,以及在早期筛查和个性化治疗方面的潜力。我期待书中能够详细阐述不同类型的微流控芯片在基因检测、蛋白质组学分析以及细胞分选等方面的具体设计原理、关键制造工艺,甚至是一些最新的研究进展和应用案例。例如,我特别好奇微流控芯片如何集成PCR扩增、杂交、信号检测等多个步骤,实现“即用即走”的检测模式,以及在临床上如何将这些技术转化为实际可用的诊断工具,解决当前诊断技术在通量、灵敏度、成本等方面的痛点。书中是否有关于微流控芯片与人工智能、大数据结合,实现更智能化的数据分析和解读的内容,也是我非常关注的一点。毕竟,海量生物数据的处理和挖掘是未来生命科学发展的关键,而微流控芯片作为高通量生物信息获取的重要平台,其与AI的融合必然会带来革命性的突破。我希望书中能够不仅仅停留在理论层面,而是能够提供一些具体的实验设计思路、数据分析方法,甚至是一些实际操作的注意事项,让我能够更好地理解和应用这些前沿技术。

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我对合成生物学这一新兴交叉学科的无限潜力感到非常兴奋,它致力于设计和构建新的生物系统,或者重新设计已有的生物系统,以实现具有特定功能的生物体或生物组件。我非常希望这本书能够深入浅出地介绍合成生物学的基本概念和核心原理,比如“生物模块化”、“标准化元件”等思想,以及它们如何在设计和构建人工生物系统中发挥作用。我期待书中能够详细阐述合成生物学在设计和构建人工基因调控网络、合成生物通路、以及设计全细胞人工生命系统等方面的进展。我尤其感兴趣的是,合成生物学如何被应用于解决现实世界中的问题,比如利用工程微生物生产生物燃料、生物材料,或者设计具有治疗功能的工程细胞用于疾病治疗。书中是否会介绍一些经典的合成生物学案例,比如“人工基因线路”、“最小基因组”等,以及一些常用的合成生物学工具和平台。我也想了解合成生物学在安全性和伦理方面的考量,以及未来发展面临的挑战和机遇。我希望通过这本书,能够对合成生物学的整体图景有一个清晰的认识,并理解它如何通过设计和构建新的生物系统,为人类社会带来革命性的变革。

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我一直对蛋白质组学研究在揭示生命活动奥秘方面扮演的重要角色深感好奇,特别是利用高通量技术来分析细胞、组织或体液中所有蛋白质及其修饰的研究。我非常希望这本书能够详细介绍当前主流的蛋白质组学技术,比如质谱(Mass Spectrometry)在蛋白质鉴定、定量分析以及翻译后修饰研究中的应用。我期待书中能够深入讲解不同质谱技术的原理,例如LC-MS/MS、iTRAQ、TMT等定量策略,以及它们如何帮助我们研究蛋白质的表达水平变化。除了质谱,我也对基于抗体芯片和蛋白质芯片的蛋白质组学研究方法很感兴趣,希望书中能介绍它们在发现生物标志物、研究蛋白质相互作用网络等方面的应用。我特别关注书中是否会探讨如何从海量的蛋白质组学数据中提取有价值的信息,比如如何进行蛋白质鉴定和定量,如何分析翻译后修饰,以及如何将蛋白质组学数据与基因组学、转录组学等数据进行整合,以获得更全面的生物学洞察。我希望书中能提供一些关于蛋白质组学实验设计、样本制备、数据分析流程的指导,以及一些实际的应用案例,展示蛋白质组学研究如何在疾病诊断、药物研发、生物标志物发现等领域发挥关键作用。

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我抱着学习的心态,希望在这本书中找到关于基因测序技术发展历程的梳理,以及不同测序技术之间的优劣分析。特别是近些年来,高通量测序技术的飞速发展,极大地推动了基因组学、转录组学等领域的研究。我一直想深入了解二代测序(NGS)的核心技术原理,比如短读长测序如何实现大规模并行数据的产生,以及三代测序(如PacBio、Oxford Nanopore)的长读长优势在解决复杂基因组结构变异、全长转录本测序等方面的独特价值。除了技术原理,我对这些测序平台在临床应用中的前景也充满期待。比如,在肿瘤基因检测中,NGS如何帮助我们发现驱动基因突变,从而指导靶向治疗;在遗传性疾病诊断中,全基因组测序(WGS)或全外显子组测序(WES)如何帮助我们定位致病基因;以及在微生物组研究中,宏基因组测序如何揭示微生物群落的组成和功能。我特别想知道书中是否会介绍如何设计合理的测序策略,如何评估测序数据的质量,以及如何利用生物信息学工具对海量测序数据进行分析和解读,包括基因组组装、变异检测、基因功能注释等。此外,我也对新兴的单细胞测序技术非常感兴趣,它如何帮助我们理解细胞异质性,以及在发育生物学、免疫学、神经科学等领域的研究中展现出的巨大潜力。如果书中能提供一些关于这些技术在实际科研项目中的应用案例,并分享一些研究人员在克服技术挑战、优化实验流程方面的经验,那将是非常宝贵的。

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作为一个对生物传感器领域有着浓厚兴趣的读者,我尤其关注书中对不同类型生物传感器的原理、设计与应用进行详尽阐述的部分。我一直觉得生物传感器是连接生物学世界和电子信息世界的重要桥梁,它们能够将生物分子特异性识别事件转化为可测量的信号,从而实现对各种生物物质的快速、灵敏、准确检测。我非常期待书中能够详细介绍基于酶、抗体、核酸、细胞等生物识别元件的各类生物传感器的工作机制,例如电化学生物传感器、光学生物传感器、压电生物传感器等等。我特别想了解,在设计和制造一个高性能的生物传感器时,需要考虑哪些关键因素,比如生物识别元件的稳定性和活性、信号的放大和转换效率、基底材料的选择和加工工艺,以及传感器的集成化和小型化等。此外,我也对生物传感器在环境监测、食品安全、生物医学诊断等领域的广泛应用非常感兴趣。例如,如何利用生物传感器快速检测水体中的污染物,如何实现对食品中致病菌或农药残留的实时监控,以及如何开发用于监测血糖、血氧、pH值等生理参数的无创或微创生物传感器。书中是否会涉及到一些最新的生物传感器技术,比如基于纳米材料的生物传感器,或者利用微流控技术与生物传感器集成的“实验室芯片”系统,将为我带来新的启发。我希望能获得更深入的理解,掌握如何根据具体的应用需求,选择合适的生物识别元件和信号转换技术,设计出具有高选择性、高灵敏度和良好稳定性的生物传感器。

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我一直对干细胞研究在再生医学领域的巨大潜力感到着迷,特别是干细胞如何分化成各种特异性细胞,从而修复受损组织和器官。我非常期待书中能够系统地介绍不同类型的干细胞,包括胚胎干细胞、成体干细胞(如间充质干细胞、造血干细胞)以及诱导多能干细胞(iPSCs)的特性、来源和培养方法。我希望书中能够详细阐述干细胞分化的机制,以及如何通过控制培养条件、使用生长因子和信号分子来引导干细胞向特定谱系分化。我特别对干细胞在疾病治疗中的应用非常感兴趣,比如利用干细胞移植来治疗帕金森病、糖尿病、脊髓损伤等疾病。书中是否会介绍相关的临床研究进展,或者探讨利用干细胞技术构建体外模型来研究疾病发生机制和筛选药物。我也对干细胞在组织工程和器官再生方面的应用非常期待,比如如何利用干细胞构建仿生支架,以及如何促进细胞在支架上生长和形成功能性组织。我希望能够通过这本书,深入理解干细胞的生物学特性,掌握其在基础研究和临床转化中的应用前景,并对再生医学的未来发展有一个更清晰的认识。

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我是一名对生物信息学工具和算法应用非常感兴趣的读者,因此,我特别期待书中能够系统地介绍在生物芯片数据分析中常用到的各类生物信息学工具和算法,以及它们在处理和解读海量实验数据时的具体作用。我一直觉得,生物芯片技术能够产生极其庞大的数据集,如果没有强大的生物信息学分析能力,这些数据就如同“一堆散乱的珍珠”,难以发挥其应有的价值。我非常希望书中能够详细介绍如何对DNA微阵列、基因测序数据、蛋白质组学数据等进行质量控制,如何进行数据标准化和归一化,以消除实验中的批次效应和系统误差。此外,我也对差异表达分析、基因本体论(GO)分析、通路富集分析等在识别关键基因和生物学功能方面的应用非常感兴趣。书中是否会提供一些关于如何选择和使用这些分析工具的指导,比如R语言、Python等编程语言在生物信息学分析中的应用,以及一些主流的分析平台和数据库的介绍,例如GEO、ArrayExpress、NCBI等。我更希望书中能够讲解一些更高级的分析方法,比如机器学习在生物芯片数据挖掘中的应用,例如构建预测模型来识别疾病标志物,或者对患者进行预后预测。如果书中能够通过具体的实例,演示如何一步步地进行生物芯片数据的分析,从原始数据到最终的生物学解读,那将极大地帮助我理解这些复杂的概念和流程。

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我对微阵列技术在基因表达研究中的应用一直非常好奇,尤其希望书中能够深入探讨不同类型的微阵列,例如DNA微阵列和蛋白质微阵列,它们的构建原理、检测方法以及在生命科学研究中的具体应用。我非常想了解DNA微阵列是如何用于检测数千甚至数万个基因的表达水平的,比如它们如何设计探针,如何进行标记和杂交,以及如何通过扫描和数据分析来识别差异表达的基因。我希望书中能够提供一些关于微阵列实验设计的指导,包括样本的选择、RNA的提取和标记、实验条件的优化等,以及如何处理和解读海量的表达谱数据,比如进行聚类分析、通路分析等,以揭示基因在不同生理或病理状态下的调控网络。此外,我也对蛋白质微阵列在研究蛋白质-蛋白质相互作用、抗体筛选、疾病标志物发现等方面的应用非常感兴趣。我希望书中能够详细介绍蛋白质微阵列的构建方法,比如如何固定蛋白质,如何进行检测,以及如何识别特定的抗原-抗体反应或蛋白质相互作用。如果书中能够包含一些具体的案例分析,展示微阵列技术如何帮助研究人员解决实际的科学问题,例如发现新的疾病生物标志物,或者阐明关键的信号转导通路,那将非常有价值。我希望这本书能够帮助我理解微阵列技术的核心原理,并掌握将其应用于我的研究项目中的基本方法和技巧。

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