《海洋科學集刊(第49集)2009年3月》主要內容包括：颱灣北部海域黑潮與中尺度渦鏇研究進展、長江口及其鄰近水域矽酸鹽的分布變化特徵、長江口外海域三維水動力模擬結果及與觀測的比較、重力模型探尋南海北部陸坡特提斯痕跡、動物重要經濟性狀相關分子標記篩選及應用的研究進展真江蘺-黑鯛的網箱生態養殖係統研究等等。
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