《醫藥分子生物學實驗教程》在內容體係上劃分為基礎部分和學生實驗部分。基礎部分係統地介紹瞭實驗室安全知識、常規分子生物學儀器操作和實驗技術基礎知識；學生實驗部分則以基因剋隆到錶達的基本順序作為主綫，分為核酸製備、基因剋隆和基因錶達三大部分，包括目的基因的分離、RT-PCR、基因剋隆、重組篩選、質粒提取、酶切與鑒定、轉化以及在大腸杆菌中的錶達和檢測等21個互為連貫的實驗。另外，《醫藥分子生物學實驗教程》的附錄部分匯集瞭醫藥分子生物學實驗的常用數據和相關技術。
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