具体描述
《非编码RNA》从分子生物学、生物技术，生物信息学和分子医学等对非编码RNA进行了多角度的介绍。首先对非编码RNA的结构、性质和功能进行了一个总体评述，目的是讨论非编码RNA的作用和由来；然后对基因组中非编码RNA识别的不同方法，形成独特种类的染色质相关RNA，H19基因，miRNA，RNA干扰，不同的类型应激诱导的ncRNA，snoRNA等内容进行了介绍。非编码RNA是不参与蛋白质编码的RNA的总称。虽然不参与蛋白质的编码，但是非编码RNA却是RNA实现功能的关键。
《非编码RNA》适用子生物技术．医学基础领域从事RNA相关研究的技术人员，也可供相关专业研究生参考
编织数字世界的底层逻辑：深入探索计算机科学的基石与前沿 图书名称： 算法之舞：从图灵机到深度学习的计算演进 图书简介： 本书并非聚焦于生物学领域新兴的非编码RNA研究，而是旨在为读者构建一座坚实的桥梁，连接经典计算机科学的理论基石与当前信息技术浪潮中最前沿的实践应用。我们相信，理解计算的本质和演变历程，是驾驭未来科技，无论是人工智能、大数据处理还是复杂系统建模，所必需的底层能力。 第一部分：计算的哲学与逻辑基础 (The Philosophical Foundation of Computation) 本篇深入剖析了“计算”这一概念的哲学内涵及其数学定义。我们不会触及任何生物分子或基因调控机制，而是将焦点完全置于抽象的逻辑世界。 第一章：图灵的遗产与可计算性 (Turing's Legacy and Computability) 本章从阿兰·图灵的开创性工作开始，详细阐述了图灵机模型——这一理论上最强大的计算模型的构建原理。我们将严谨地分析停机问题（Halting Problem）的不可解性，以此确立计算的边界。讨论会围绕“什么是可以被计算的？”这一核心问题展开，涉及递归函数、Lambda演算等形式化系统，着重于它们在定义现代编程语言语义学中的作用。 第二章：复杂性理论的边界 (The Frontiers of Complexity Theory) 在确定了什么是可计算之后，接下来的重点是效率问题。本章系统地介绍了计算复杂性理论，特别是P类（多项式时间可解）和NP类（非确定性多项式时间可解）的划分。我们将详细解析NP完全问题（NP-Completeness）的概念，例如布尔可满足性问题（SAT）和旅行商问题（TSP），并探讨P是否等于NP这一悬而未决的世纪难题对密码学和优化算法设计带来的深远影响。这里的分析完全基于时间复杂度与空间复杂度的量化分析。 第二章 3：逻辑与电路：硬件的思维 (Logic and Circuits: The Mind of Hardware) 本节将计算的抽象概念转化为物理实现的基础。我们追溯了布尔代数如何通过继电器和晶体管演变为现代数字电路。读者将学习到从基本逻辑门（AND, OR, NOT）到更复杂的组合逻辑电路（如加法器、多路复用器）的设计原理，以及如何利用时序逻辑电路（如触发器、寄存器）实现存储功能，从而构筑出冯·诺依曼架构下的中央处理器（CPU）的逻辑蓝图。 第二部分：算法的艺术与结构化 (The Art and Structure of Algorithms) 这一部分聚焦于解决问题的具体方法论，即算法的设计、分析与优化，完全避开生物数据结构。 第四章：数据结构的优雅组织 (The Elegant Organization of Data Structures) 本章是算法得以高效运行的骨架。我们将详细介绍并比较线性结构（数组、链表、栈、队列）和非线性结构（树、图、堆）。特别地，我们将深入剖析二叉搜索树（BST）、B树在数据库索引中的应用，以及哈希表的冲突解决机制。关于图的讨论将集中于其在网络路由、拓扑排序等计算机科学经典问题中的建模能力。 第五章：经典排序与搜索的性能竞赛 (The Performance Race of Classic Sorting and Searching) 本章旨在系统性地评估不同排序算法的效率和适用场景。内容涵盖了冒泡排序、插入排序等基础算法，深入到归并排序、快速排序等分治策略的实现细节与渐近复杂度分析。我们还会讨论堆排序的优势，并从信息论的角度解释基于比较的排序的理论下界。搜索方面，二分查找、广度优先搜索（BFS）和深度优先搜索（DFS）的适用性将被清晰界定。 第六章：动态规划与贪心策略 (Dynamic Programming and the Greedy Approach) 本章探讨解决优化问题的两大核心范式。动态规划（DP）部分，我们将通过背包问题、最长公共子序列等经典案例，教授如何识别重叠子问题和最优子结构，并构建自底向上的计算表。贪心算法部分，我们将阐述其正确性证明的难度，并通过活动选择问题、霍夫曼编码等实例，展示在特定条件下贪心策略的简洁与高效。 第三部分：计算范式的革新与前沿 (Innovations and Frontiers in Computation) 本书的最后部分将目光投向现代计算领域的支柱技术，展示计算理论如何驱动工程实践的突破。 第七章：并行化与分布式计算 (Parallelism and Distributed Computing) 随着摩尔定律的放缓，计算的扩展越来越依赖于架构的并行化。本章将介绍多核处理器上的并发编程模型，包括线程、锁、互斥量以及无锁数据结构的应用。在分布式系统方面，我们将探讨CAP定理对系统设计的约束，以及一致性模型（如最终一致性）在构建高可用性数据库和Web服务中的重要性。 第八章：机器学习的数学核心：优化与梯度 (The Mathematical Core of Machine Learning: Optimization and Gradients) 本章聚焦于驱动现代人工智能的核心计算过程。我们不会涉及任何具体的生物神经元模型或分子信号通路，而是专注于优化理论。详细讲解损失函数（Loss Functions）的设计，以及梯度下降法（Gradient Descent）——包括随机梯度下降（SGD）及其变体（如Adam、RMSProp）——的迭代机制和收敛性分析。重点是如何使用微积分和线性代数工具高效地在巨大的参数空间中找到最优解。 第九章：数据结构在现代计算中的延伸 (Extensions of Data Structures in Modern Computing) 本章探讨针对特定计算任务而优化的高级数据结构。例如，如何在海量数据中进行近似查询时使用布隆过滤器（Bloom Filters）；如何在支持范围查询的场景中使用分段树（Segment Trees）或Fenwick树（Binary Indexed Trees）。最后，我们将展望在处理图形数据（Graph Data）时，高级图遍历算法和图嵌入（Graph Embeddings）在网络分析中的计算优势。 结论：计算思维的未来 (The Future of Computational Thinking) 本书总结了从抽象逻辑到具体实现的全过程，强调计算思维——即结构化问题、设计高效算法和评估系统性能的能力——是未来所有科技领域的核心竞争力。本书旨在培养读者对计算科学的深刻理解，使其能够灵活应对未来的技术挑战，无论这些挑战以何种形式出现。
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目录信息
前言第1章 核糖核酸调节子概述 1.1 引言 1.2 核糖核酸的特性 1.3 编码和非编码转录物 1.4 RNA调节子的功能 1.5 展望 参考文献第2章 内含子和非编码RNA：真核生物复杂性的隐含层 2.1 引言 2.2 非编码RNA代表了哺乳动物及几乎所有复杂生物基因组的主要产物 2.3 内含子和ncRNA是否代表了基因表达的第二个层次 2.4 内含子 2.5 非编码RNA 2.6 非编码RNA的起源和命名法 2.7 “基因”的新定义——一个具有顺式作用调节元件的转录集合 2.8 涉及RNA的复杂遗传现象 2.9 RNA结合和信号转导蛋白 2.10 ncRNA的可能功能 2.11 一个新的遗传学 参考文献第3章 基于计算发现非编码RNA 3.0 摘要 3.1 引言 3.2 蛋白质编码基因和ncRNA基因的发现 3.3 用户定制的ncRNA基因发现程序 3.4 可重新配置的ncRNA基因发现程序 3.5 从头开始的ncRNA基因发现——在没有序列或结构先验知识的情况下寻找基因 3.6 ncRNA基因预测程序的现状与展望 致谢 参考文献第4章 Xist RNA与染色质结合并导致基因沉默 4.0 摘要 4.1 引言 4.2 Xist基因 4.3 胚胎中Xist介导基因沉默的起始 4.4 Xist表达的调控——计数和选择X染色体 4.5 Xist发挥功能的机制 4.6 一种Xist功能模型 4.7 关于进化的思考 4.8 结语 参考文献第5章 果蝇中的剂量补偿作用：核蛋白体复合物介导的转录上调 5.1 概述 5.2 剂量补偿作用的不同机制 5.3 剂量补偿作用的基本原则 5.4 通过染色质修饰的雄性特异的高转录 5.5 雄性特异剂量补偿实现依赖于性别致死抑制子的缺失 5.6 DCC的组成 5.7 roX RNA是染色质进入位点 5.8 DCC的有序组装 5.9 MSL蛋白的特殊功能以及它们之间的相互作用 5.10 roX RNA是剂量补偿所必需的 5.11 模型和展望 参考文献第6章 H19印迹RNA的结构、调节和功能 6.0 摘要 6.1 引言 6.2 调节性RNA 6.3 H19的印迹 6.4 H19的组织特异性表达 6.5 H19的保守序列 6.6 H19与生长控制 6.7 H19 RNA是否有功能？ 参考文献第7章 microRNA 7.0 摘要 7.1 引言 7.2 miRNA的发现和分离 7.3 miRNA的特征 7.4 lin-4的作用机制 7.5 参与miRNA产生与功能的蛋白质 7.6 寻找miRNA的靶位点 7.7 人工miRNA 7.8 结语 参考文献第8章 siRNA和miRNA：微小，但是强大 8.0 摘要 8.1 micoRNA 8.2 小干扰RNA 8.3 siRNA引发RNAi的应用 参考文献第9章 植物中的转录后基因沉默 9.0 摘要 9.1 引言 9.2 多条途径产生双链RNA起始植物PTGS 9.3 从dsRNA到RNA降解途径的沉默模型 9.4 PTGS在植物中的作用 9.5 结论 参考文献第10章 RNA指导的DNA甲基化及染色质修饰 10.0 摘要 10.1 引言 10.2 同源依赖的基因沉默 10.3 RNA指导的DNA甲基化(RdDM)现象的发现及其特征 10.4 RdDM的分子机制 10.5 RNA指导的染色质修饰 10.6 RNA沉默的进化机制 10.7 展望 致谢 参考文献第11章 脑特异的非信使RNA 11.0 摘要 11.1 引言 11.2 脑内的大分子nmRNA 11.3 脑内的snmRNA 11.4 展望 致谢 参考文献第12章 snoRNA世界的新领域 12.0 摘要 12.1 引言 12.2 修饰指导snoRNA的两大家族 12.3 snoRNP的生成 12.4 指导snRNA修饰的新snoRNA 12.5 寻找RNA靶点时发现的孤儿snoRNA 12.6 脑特异的印迹snoRNA 12.7 修饰指导snoRNA的古菌同源物 12.8 古菌tRNA同样是靶点 12.9 结语 致谢 补充证据 参考文献第13章 植物细胞中非编码RNA或短可读框编码RNA研究的新进展 13.0 摘要 13.1 存在于植物和动物中没有长ORF的mRNA 13.2 仅含有sORF的mRNA参与植物的生长和发育 13.3 作用的可能机制 13.4 展望：小调控RNA和sORF编码的寡肽作为新基因表达调控子 参考文献第14章 发育活化和应激诱导的非编码黑腹果蝇hsrw基因整合其他核转录物的翻译后加工 14.0 摘要 14.1 引言 14.2 果蝇中93D或入hsrw基因表现出独特和保守的可诱导性，但显然不产生蛋白质 14.3 果蝇中入hsrw基因具有独特的保守结构，却很少有碱基序列保守 14.4 hsrw基因产生多个非编码转录物 14.5 hsrw基因在发育过程中广泛表达 14.6 hsrw基因启动子区是复合体 14.7 尽管是非编码转录物，hsrw是有功能的 14.8 hsrw转录物的功能 14.9 未来展望 致谢 参考文献第15章 adapt基因的RNA转录物作为核糖核酸调节子 15.0 摘要 15.1 背景 15.2 adapt15和adapt33的鉴定 15.3 adapt15和adapt33的作用机制 15.4 结语 参考文献第16章 显性非编码微卫星扩展紊乱中RNA的致病机制 16.0 摘要 16.1 引言 16.2 Ⅰ型肌强直性营养不良：基因的发现和致病模型的提出 16.3 8型脊髓小脑共济失调 16.4 10型脊髓小脑共济失调 16.5 DM1、SCA8和SCA10之间临床和分子上的差别 16.6 Ⅱ型肌强直性营养不良 16.7 肌强直性营养不良中RNA的致病机制 16.8 其他非编码扩展失调 16.9 总结 参考文献第17章 由细菌染色体编码的非编码RNA 17.0 摘要 17.1 概述 17.2 引言 17.3 持家sRNA 17.4 调控的反义RNA进入两种境地 17.5 反式编码的反义RNA MicF是一个应激反应的调控因子 17.6 sRNA可以调控多个基因 17.7 一个调控RNA——两个(或多个)靶RNA 17.8 多个RNA作用于同一个靶 17.9 sRNA的另一个作用：破坏同一个操纵子下的基因协调表达 17.10 某些sRNA需要辅助蛋白 17.11 例外(？)：E.coli染色体顺式编码反义RNA 17.12 通过sRNA和蛋白质间相互作用调控基因表达 17.13 sRNA的结构 17.14 细胞中稳定或不稳定？ 17.15 初级或加工后转录本 17.16 新sRNA的作用是什么？ 17.17 通过什么样的机制发挥作用？ 17.18 有多少个sRNA？ 17.19 结论 致谢 参考文献第18章 我们数量众多：非编码调节RNA和Hfq 18.0 摘要 18.1 非编码RNA 18.2 非编码RNA在革兰阴性菌中的功能 18.3 革兰阳性细菌中非编码RNA 18.4 调节调节子。ncRNA如何被调节？ 18.5 RNA结合蛋白Hfq与ncRNA 18.6 Hfq的功能如何？ 18.7 Hfq如何与RNA相互作用？ 18.8 结论 致谢 参考文献中西文对照索引
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