清代前期中日之間盡管始終未曾建立最高層麵的官方正式往來，但兩國政府藉由長崎貿易這一民間層麵的直接關係，仍然産生瞭一係列政治外交上的間接關係。在此關係的基礎上，再連同兩國以朝鮮、琉球為中介産生的各種間接關係，則共同構成瞭這一時期中日兩國政治外交關係的總體形態。

1637年“丙子之役”後，清在議和條款中要求朝鮮引導日本使者赴瀋陽朝見，此舉最初可能同時包含有將日本納為朝貢國和同其建立以互通貨物為目的的平等往來這樣兩種內涵截然不同的意圖。但通過朝鮮史料中相關記載來分析，清在入關前實際推行的是後一種意圖。也就是說，這一時期它對待日本的態度多齣自現實的考慮，在對日本的威脅性保持警惕的同時，又希望同對方建立貿易往來以獲取所需物資等。另一方麵，由於朝鮮堅持采取不閤作策略，而清對此亦缺乏一以貫之的強硬態度，從未強令朝鮮執行，最後加之時勢的種種變化，該條款最終未能實現。

而在日本一方，亦早就通過朝鮮關注到滿族在中國東北崛起的事實。皇太極1627年第一次侵朝戰爭（丁卯之役）後，負責日本對朝交涉事務的對馬藩就曾立即派遣使節前往探詢相關情況。1644年中國“明清鼎革”以後，江戶幕府又長期藉助“朝鮮——對馬藩”這一管道及時獲取瞭中國軍事、政治、經濟以及文化各領域的大量情報。相對地，清政權雖早在崇德年間即藉由朝鮮的“倭情谘文”得以獲取日本情報，但這一管道在它入關以後便很快流於形式。

清在入關後，未曾重演濛元武力徵伐之故事，強令日本前來朝貢。此後直至1871年兩國訂約建交，清與日本的直接關係隻是在長崎一地的民間貿易關係，而日本則始終遊離於清的朝貢體係之外。不僅如此，清在平定颱灣鄭氏勢力並解除“海禁”後，為解決其在颱官用問題，康熙帝甚至還親自謀劃赴日貿易事宜。康熙中葉以後，來自日本的重要商品——銅更是直接關係到中國貨幣經濟的穩定。康熙朝後期，康熙帝本人對由日本“正德新例”引發的信牌紛爭，亦持寬容態度，且在其晚年頒布的新“海禁”令中，獨未將日本列入。可以說在近代以前，以康熙帝為代錶的清最高統治者未拘泥於朝貢製度來對待日本，而是對後者抱一種相對實用主義的態度，將之視作一個可以獲取重要資源的特殊國傢。清的這一態度，同其入關之前所形成的對日認識是有一定程度的關聯的，甚至可以說是一脈相承的。

另一方麵，日本雖然最初將清政權視為“韃靼（蠻夷）”，但隨著清在平定“三藩之亂”後統治地位的日益鞏固，尤其是“康雍乾盛世”下清代社會齣現的長達百餘年的繁榮，使得無論是最高統治者幕府將軍，還是普通士人，對清認識都發生重大轉變，不僅在事實上認可瞭清政權在中國的正統地位，還極為仰慕同時期清代的中國政治、文化。

日本江戶幕府在麵對清初中、琉朝貢關係重建之際，其高層雖一度有所謂“日本之瑕”的強硬錶態，但為避免與清發生正麵的軍事衝突，最終采取瞭“不治而治”的不乾涉立場。而幕府的這一立場，又正符閤旨在通過琉球間接獲取朝貢貿易利潤的薩摩藩的利益。

另一方麵，對於在製度和人事上基本承襲明代的清政權而言，不可能對1609年後琉球與日本間的特殊關係一無所知。但與明代中國不同的是，清在此問題上一開始便采取瞭默認的態度。但曆史的吊詭是，在明末一直采取積極主動甚至強勢態度的薩摩藩，卻在琉球歸順清廷之後，開始變得小心謹慎。此種轉變的最大標誌，即薩摩藩開始逐步在琉球推行對華隱蔽日、琉關係的政策。此後，清廷曆任冊封使於琉球逗留期間，在琉球王府的各種應對接待措施背後，實際都有薩摩藩的暗中指揮和操控。