Virtual screening can reduce costs and increase hit rates for lead discovery by eliminating the need for robotics, reagent acquisition or production, and compound storage facilities. The increased robustness of computational algorithms and scoring functions, the availability of affordable computational power, and the potential for timely structural determination of target molecules, have provided new opportunities for virtual screening, and made it more practical. Why then, isn't everyone using virtual screening? Examining the scope and limitations of this method, Virtual Screening in Drug Discovery explores the algorithms involved and how to actually use them. Part I offers perspectives on both ligand-based and docking-based virtual screens. The authors of these chapters frame many of the challenges currently facing the field. Part II considers the choice of compounds that are best suited as drug leads. Part III discusses ligand-based approaches, including descriptor-based similarity, traditional pharmacophore searching, and similarity based 3D-pharmacophore fingerprints. The final two sections are devoted to molecular docking. Part IV outlines some important and practical considerations relating to the energetics of protein-ligand binding and target-site topography, whereas specific docking algorithms and strategies are discussed in Part V. Notwithstanding this list of subjects, the book does not overwhelm you with more information than you need-many of the strategies outlined will transcend the specifics of any given method. Nor does the book purport to offer single best ways to use the programs. What it does is provide a snapshot of virtual screening that gives you easy access to strategies and techniques for lead discovery. Daniel E. Levy, editor of the Drug Discovery Series, is the founder of DEL BioPharma, a consulting service for drug discovery programs. He also maintains a blog that explores organic chemistry.
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这本书的份量感十足,沉甸甸地握在手里,就已经传递出一种“干货满满”的信号。我是一个对药物化学和计算化学都略有涉猎的初级研究员,一直渴望能更系统地学习虚拟筛选这一关键的药物发现工具。我设想这本书会循序渐进地引导读者,从最基本的概念开始,比如什么是虚拟筛选,它在整个药物研发流程中扮演着怎样的角色,以及它相较于传统高通量筛选的优势所在。我希望它能深入浅出地介绍各种虚拟筛选的策略,包括基于结构和基于配体的两种主要方法,并且详细阐述它们各自的原理、优缺点以及适用的场景。对于我这样还在学习阶段的读者来说,如果书中能提供一些清晰的流程图或者流程说明,那就太棒了。我特别好奇书中会不会包含一些实际操作的指导,比如如何准备靶蛋白的结构,如何构建化合物数据库,以及如何评估筛选结果的可靠性。即使不涉及具体的软件教程,但如果能提供一些通用的思路和框架,那对我未来的实践操作也将大有裨益。这本书,感觉像是为我这样渴望系统学习的科研新手量身定制的“入门宝典”,它的出现,让我对接下来的学习充满了期待。
评分这本书的装帧和印刷质量都相当不错,给人一种值得细细品味的感觉。作为一名对分子模拟和药物设计有着浓厚兴趣的博士生,我一直想深入了解虚拟筛选的完整流程和背后的科学原理。我期待这本书能够提供一个全面而深入的视角,不仅仅是介绍各种虚拟筛选技术,更重要的是讲解它们是如何协同工作的,以及在整个新药研发管线中扮演的关键角色。我特别希望书中能详细阐述如何构建和优化用于虚拟筛选的化合物数据库,以及如何选择和评估合适的靶点模型。对于初学者来说,理解不同虚拟筛选方法的适用范围和局限性非常重要,我希望书中能对此有清晰的说明。此外,我也对书中可能涉及的,如何从虚拟筛选结果中识别出具有潜在成药性的先导化合物,以及如何指导后续的实验验证工作的内容感到好奇。这本书,仿佛是一本为我这样的学生准备的“教科书”,它能帮助我构建扎实的理论基础,并为我未来的科研工作打下坚实的基础,让我能够更自信地投入到药物发现的研究中。
评分这本书的设计风格简洁而不失专业感,封面上的“Virtual Screening In Drug Discovery”字样,直接点明了主题,对于任何对新药研发领域感兴趣的人来说,都具有相当大的吸引力。我是一名正在积极寻求职业转型的生物信息学研究者,希望将我的技能应用到药物发现领域。虚拟筛选,作为连接生物学信息和化学分子设计的重要桥梁,正是我关注的焦点。我设想这本书会详细介绍虚拟筛选背后的计算方法和统计学原理,这对我理解算法的内在逻辑至关重要。我非常期待书中能够深入讲解各种筛选技术的优劣势,比如,基于形状的筛选和基于物理化学性质的筛选,它们分别适用于哪些情况?又比如,如何有效地处理和管理庞大的化合物库?此外,我更关注的是如何将机器学习和人工智能技术巧妙地融入到虚拟筛选流程中,实现更智能、更高效的分子发现。如果书中能够提供一些案例研究,展示如何利用这些先进技术解决实际的药物发现问题,那将是对我极大的帮助。这本书,感觉就像是我职业发展道路上的一盏明灯,为我指引了新的方向。
评分作为一名在制药公司从事多年药物发现工作的资深科学家,我对虚拟筛选的实践有着深刻的理解,也深知其在加速新药研发进程中的重要性。因此,当我看到这本书的标题时,我的第一反应是:“它能带来什么新东西?” 我期待这本书不仅仅是理论的堆砌,更能提供一些在实际工作中可能遇到的挑战和解决方案。我希望它能深入探讨各种虚拟筛选方法的局限性,以及如何通过优化算法、改进特征描述符或结合多种筛选策略来克服这些局限。对于资深研究者而言,关注点往往在于如何提高筛选的准确性和效率,降低假阳性和假阴性率。我希望书中能提供一些关于如何进行方法学验证、如何评估模型性能以及如何将虚拟筛选结果与实验数据进行有效整合的宝贵经验。此外,我也对书中可能探讨的,如何在复杂的生物靶点(如蛋白-蛋白相互作用)上进行虚拟筛选的挑战和策略很感兴趣。总而言之,这本书对我来说,更像是一场深入的学术交流,我期待从中获得启发,进一步提升我的专业技能,并在实际工作中取得更显著的成果。
评分哇,刚翻开这本书,还没来得及细看正文,光是封面设计就让我眼前一亮!那种深邃的蓝色,搭配着跳跃的分子模型,瞬间就激发了我对科学探索的无限好奇。我是一个对新药研发充满憧憬的研究生,一直对如何高效筛选出有潜力的药物分子感到着迷。这本书的标题,"Virtual Screening In Drug Discovery",简直就是为我量身打造的。我脑海中已经开始勾勒出它可能包含的内容:从基础的分子对接原理,到各种复杂的虚拟筛选算法,再到实际应用中的案例分析,甚至可能涉及到如何处理和分析海量数据。我尤其期待它能深入讲解一些前沿的机器学习和深度学习在虚拟筛选中的应用,毕竟这是当前药物发现领域最热门的方向之一。这本书的排版也很舒服,字体大小适中,章节划分清晰,让人感觉即使内容再庞杂,也能条理分明地读下去。我迫不及待地想进入正题,去领略作者在虚拟筛选领域的智慧结晶,看看它能否为我指明未来科研的方向,帮助我少走弯路,更有效地投入到我的研究项目中。感觉这本书的出现,会是我近期科研生涯中一个重要的转折点。
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