原《医方类聚》（校点本）曾在日本刊行，当时因该国的需要，编写了《医方类聚。索引》，为单独一册，但国内尚未付梓。为了便于读者检索，进一步提高《医方类聚》编校质量，特对原《医方类聚。索引》作了重编。兹将编写本书方剂、病证和书名索引的体例和方法说明如下：
一、方剂索引
1.本索引所列方剂范围，仅限于本书中所辑之标有方剂名称者。至于只有主治等无方名以及仅标明“又方”、“验方”等难以考证方名或命名者，均不列入。
2.本索引所列方名均与本书正文中之方名一致。
3.本索引按方名首字笔画多少为次序排列，每一方名之后注明本书收载本方分册序码、卷次、分册页码等。同一笔画按笔顺（一丨丿丶?）排列；首字笔画相同按第二宇笔画多少为序；第一、第二字笔画相同按第三字笔画多少为序；第三字笔画相同以及第三字以上相同者，以此类推。
4.同一方剂，仅首见者列有方名，余均按本书所见先后顺序列分册序码、卷次、分册页码。
5.同一方名，见于同一分册、同一卷次、不同页码者，每一页码后加逗号分隔；同一方名，见于同一分册，不同卷次者，页码后加分号分隔；同一方名，见于不同分册者，均按分册顺序，另起一行排列。
6.凡书中只列方名，并无组成、剂量等，而原注有“方见××门”者，仍按前例注明本书卷次、分册序码、分册页码。
7.同一方而名称不同者，或一方多名者，或主治、组成、剂量虽同，但因出处不同而方名不同者，或因药名写法不一而致方名有异者（如黄芪汤与黄耆汤，荜拨散与荜茇散等）均作为单独方列入，以利于检索。
附体例：
人参汤1／10／279，280；11／291，2933／58／370，372
注释：“1、3”为分册序码；“10、11、58”为卷次；“279、280、291、293、370、372”为分册页码。
二、病证索引
1.本索引所列病证范围，仅限于本书中所辑之见于目录以及正文中列为标题者。至于文中出现之病证名称凡不属于前项者均不列入。
2.为了便于检索，本索引每病证后注明本书收载本病证分册序码、卷次、分册页码等。同一病证见于不同之处者，按所见文献先后顺序连贯排列，中间以分号表示。
3.本索引病证按首字笔画多少以及笔顺排列（与方剂索引同）。
4.同一病证而名称不同者，或一病多名者，均作为单独病证名列入，以利检索。
5.同一病证，仅首见者列有病证名，余均按本书所见先后顺序列分册序码、卷次、分册页码（排列方式与方剂索引同）。
6.原书标题往往病名和证治相连在一起，如“咳嗽证治”、“留饮诸方”等，对此只取“咳嗽”、“留饮”等病证名称而其余文字则不予收录。
附体例：
牙痛4／71／213，215；72／262
注释：所示与方剂索引同。
三、书名索引
1.本索引所列文献范围，仅限于本书中所辑文献内容之见于目录者。至于散见正文及方剂中之文献名称均不列入。
2.本索引按文献名称首字笔画多少为次序排列。
3.同一文献，仅首见者列有文献名。余均按本书所见先后顺序列分册数码、卷次、分册页码（排列方式与方剂索引同）。
附体例：
三因方1/25/702，708，713，724；26/742，749
注释：所示与方剂索引同。
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