生物化学系统的计算分析

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出版者:化学工业出版社
作者:埃伯哈德·O·沃伊特
出品人:
页数:340
译者:储炬
出版时间:2006-1
价格:49.00元
装帧:平装
isbn号码:9787502576141
丛书系列:
图书标签:
  • 生物
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  • 计算
  • 生物计算
  • 生物化学
  • 生化
  • 微分方程
  • 小布的生物学
  • 生物化学
  • 计算生物学
  • 系统生物学
  • 代谢组学
  • 蛋白质组学
  • 生物信息学
  • 数学建模
  • 计算机模拟
  • 数据分析
  • 生物工程
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具体描述

本书结合PLAS软件,面向生化、遗传研究人员与生物工程技术工作者,

讲解如何使用现代计算方法去分析复杂的生物化学系统。阅读学习本书,无

需高深的数学基础。本书将数学背景与专业应用分开,在生化分析中直接引

用数学结论,读者若觉得有必要,再去翻阅相应的数学知识。本书从生物化

学系统建模开始就引入软件PLAS的操作,并将其贯穿计算机模拟、参数估算

以及方法可靠性与灵敏度的分析。本书还详细研究了四个文献已有的实例,

描述了生物化学系统数学建模的完整方法。

每章有练习并附部分答案和提示。本书还提供相关网址,可供查询数据

资源。PLAS软件可以在互联网上下载。

本书可以作为生化工程专业、医药专业本科生、研究生的教材和参考书

,也可供相关专业研究所、生产企业的工程师和技术人员参考。

《物质的奥秘:从原子到生命的分子之旅》 本书带领读者踏上一段探索物质本质的奇妙旅程,从最微小的原子结构,逐步深入到构成生命的复杂分子。我们将一起揭示物质在不同尺度上的行为规律,以及它们如何协同作用,最终编织出我们所知的这个生机勃勃的世界。 第一章:宇宙的基石——原子与元素 我们将从构成一切事物的基本单元——原子开始。通过生动形象的语言,介绍原子的构成,包括质子、中子和电子,以及它们如何通过电荷相互作用。我们将深入了解元素周期表,不仅仅是记住元素的名称和符号,更重要的是理解每种元素独特的电子排布如何决定了它的化学性质,以及它们在宇宙中的丰度和重要性。我们将探讨同位素的概念,了解它们在科学研究和医疗应用中的独特价值。此外,还将简要回顾化学键的形成,为理解分子结构打下基础。 第二章:分子的魔法——化学键与分子结构 这一章将聚焦于原子如何通过化学键连接形成千变万化的分子。我们将详细讲解不同类型的化学键,如共价键、离子键和氢键,以及它们各自的形成机制和影响。通过丰富的实例,我们将展示不同分子是如何根据其原子组成和键合方式,呈现出截然不同的三维结构。我们将探讨分子极性的概念,以及它如何影响分子的溶解性、沸点等物理性质。立体化学的引入将帮助我们理解分子的空间构型对于其功能的重要性,为后续生命分子的讨论铺平道路。 第三章:生命的语言——有机分子的世界 生命体由一系列高度特异性的有机分子构成。本章将深入探索这些“生命的积木”,包括碳水化合物、脂质、蛋白质和核酸。我们将详细介绍它们的基本结构、化学性质以及在生命活动中的关键功能。例如,我们将了解碳水化合物如何作为能量的储存和运输单位,脂质如何构成细胞膜和储存能量,蛋白质如何作为生命活动的执行者,扮演酶、信号分子、结构支撑等多种角色,而核酸(DNA和RNA)则携带和传递着生命的遗传信息。我们将强调这些大分子之间相互作用的精妙,以及它们如何共同维持生命的正常运转。 第四章:动态的平衡——化学反应与能量转化 生命活动本质上是一系列复杂而有序的化学反应。本章将深入探讨化学反应的原理,包括反应物、产物、反应速率和化学平衡。我们将重点关注生命体内的能量转化过程,如细胞呼吸和光合作用,揭示ATP是如何作为生命的“通用货币”,在能量传递中扮演核心角色。我们将介绍催化剂(酶)的重要性,理解它们如何极大地加速生命体内的化学反应,使得生命活动得以高效进行。此外,还将简要介绍热力学定律在理解能量转化过程中的应用。 第五章:信息的传递与控制——信号分子与信号转导 生物体内的各种活动需要精确的信号传递和调控。本章将探索信号分子的多样性,包括激素、神经递质等,以及它们是如何在细胞之间传递信息的。我们将详细介绍信号转导通路,即信号分子如何被细胞识别,以及这些信号如何在细胞内部引发一系列的生化反应,最终导致特定的细胞响应。我们将强调信号转导的放大效应和特异性,以及它在维持稳态、生长发育、免疫应答等过程中的至关重要作用。 第六章:结构的艺术——生物大分子的三维结构与功能 生物大分子的功能与其精巧的三维结构息息相关。本章将深入探讨蛋白质、核酸等生物大分子的结构层次,从一级序列到高级三维折叠。我们将了解哪些因素决定了这些分子的独特构象,以及结构如何精确地匹配其功能。例如,我们将以酶的活性中心为例,说明底物如何与其特异性结合,从而实现催化功能。此外,还将讨论蛋白质的变性和复性,以及其在疾病发生中的潜在联系。 第七章:生命的蓝图——遗传信息的载体与表达 本章将带领读者走进遗传物质的世界。我们将深入了解DNA的结构,以及它如何以碱基配对的方式储存着生命的遗传信息。我们将详细阐述基因的结构和功能,以及基因如何通过转录和翻译的过程,将遗传信息转化为功能性的蛋白质。我们将探讨基因表达的调控机制,理解细胞如何根据需要开启或关闭特定的基因,从而实现分化和适应。此外,还将简要介绍突变的概念及其对生命进化的影响。 第八章:物质的运输与交换——膜结构与跨膜转运 细胞膜是生命体最基本的屏障和信号接收界面。本章将详细介绍细胞膜的流动镶嵌模型,以及膜的组成成分,如磷脂双分子层和膜蛋白。我们将重点探讨各种跨膜转运机制,包括被动运输(如扩散和渗透)和主动运输,以及它们在物质进出细胞过程中的重要作用。我们将理解细胞膜是如何精确控制细胞内外的物质环境,维持细胞的生存和功能。 第九章:生命的代谢网络——物质的转化与利用 生物体内的所有化学反应构成了一个庞大而精密的代谢网络。本章将对主要的代谢途径进行概览,包括糖酵解、三羧酸循环、脂肪酸代谢以及氨基酸代谢等。我们将理解这些代谢途径是如何相互关联,实现物质和能量的有效转化与利用。我们将强调代谢在维持生命稳态、提供能量和合成生命所需各种分子中的核心作用。 第十章:从分子到系统——生物学中的集成视角 本书的最后一章将引导读者将前面所学的分子知识进行整合,从更宏观的视角理解生命现象。我们将探讨不同分子如何协同作用,形成细胞器、细胞,乃至更复杂的组织、器官和生物体。我们将简要提及系统生物学的概念,强调理解生命系统需要同时关注其组成部分及其相互作用。通过对生命体内部分子层面活动的深入理解,我们能够更好地认识生命的奥秘,并为未来解决生命科学领域中的挑战提供基础。

作者简介

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读后感

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用户评价

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这本书的语言风格是那种非常精准、严谨,但又不失温度的“学者腔调”。它避免了学术写作中常见的过度专业化术语堆砌,而是用最恰当的词汇进行精确表达。在处理那些跨学科的交叉点时,作者展现出了极高的语言驾驭能力,能够流畅地在生物学直觉和数学严谨性之间进行切换。比如,在解释一个特定算法的收敛性时,作者没有直接抛出复杂的证明,而是通过一个精心设计的类比——将分子构象空间比作一个地形图——来形象化地解释了“局部最优解”的陷阱,这种叙事手法非常高明,既保留了学术的准确性,又大大增强了可读性和趣味性。对于非英语母语的读者来说,这种清晰、结构化的表达尤为友好,它仿佛是一位经验丰富的导师,在你感到迷茫时,用清晰的路径为你指明方向,而不是简单地给你一张地图让你自己摸索。

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我以前在学习相关领域时,常常被那些过于简化的模型或过于晦涩的数学推导所困扰,总觉得知识点之间是割裂的。然而,这本书的叙事逻辑和知识建构方式,彻底颠覆了我的这种体验。作者并非简单地罗列公式或实验方法,而是构建了一个宏大而严密的知识体系框架。它从最基础的分子动力学原理出发,层层递进地探讨到宏观的系统建模,这种由微观到宏观的串联方式,使得每一个概念都有其清晰的上下文背景。尤其是对不同分析工具的引入和比较时,它不仅仅是介绍“是什么”,更是深入剖析了“为什么用这个工具”以及“它的局限性在哪里”。这种批判性思维的训练,远超出了普通教材的范畴,它教会了我如何带着审慎的态度去评估和选择计算方法。读完前几章,我明显感觉到自己的思维框架被拓宽了,不再满足于表面的结果,而是开始追溯数据产生的底层逻辑和假设前提。

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这本书的参考文献部分,简直是一座宝库。我对比了许多同类专业书籍,往往它们的引用要么是陈旧的经典,要么是高度分散的期刊文章索引。而这本书的参考文献列表经过了极其精心的策划和组织。它不仅仅是简单的罗列,更像是一份结构化的阅读路线图。作者似乎根据不同的主题和技术深度,对引用的文献进行了隐含的分类和权重分配。当我遇到一个特别感兴趣的深入话题时,我可以直接根据书中的引导,找到那些奠基性的开创性工作,以及近期最有影响力的突破性论文。这极大地提高了我的文献检索效率,避免了在浩瀚的数据库中盲目搜索的时间浪费。此外,书后附带的术语索引做得非常细致,对于那些复杂的、多义的专业名词,都能快速定位到其在书中的首次出现和核心定义,这对于需要频繁回顾和交叉验证概念的读者来说,是一个不可多得的便利工具。

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这本书的装帧设计真是让人眼前一亮,那种沉稳又不失现代感的封面,初次拿到手里,就感觉它不是那种堆砌概念的教科书,而是一本能让人静下心来钻研的专业读物。内页的排版也极为考究,字体大小、行间距的处理都非常人性化,长时间阅读也不会感到眼睛疲劳。更值得称赞的是,书中引用的图表和示意图质量极高,色彩还原度好,信息密度适中,既能清晰地展示复杂的生物分子结构或数据流向,又不会让人感到信息过载。我特别留意了图注的撰写方式,它们不仅准确地描述了图形内容,还巧妙地将读者引导向更深层次的理解,体现了编者对细节的极致追求。在对某一复杂酶促反应路径的解析部分,作者采用了三维渲染图与二维简化图相结合的方式,这种视觉上的多维度呈现,极大地降低了理解门槛,对于我这样需要将抽象概念具象化的学习者来说,简直是福音。整体来看,这本书在视觉传达和物理呈现上,就已经为高质量的知识吸收打下了坚实的基础,光是翻阅的过程就变成了一种享受。

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我是一名在职的研究人员,时间成本对我来说非常宝贵。我通常不会轻易推荐一本耗费大量精力的书籍,但对于这本,我愿意打破常规。这本书的实用价值和前瞻性是毋庸置疑的。它对最新计算范式的收录非常及时,无论是机器学习在生物数据处理中的应用,还是高通量模拟技术的最新进展,都有深入而公正的探讨。更关键的是,作者在介绍这些前沿技术时,并没有停留在“技术介绍”层面,而是深入探讨了它们如何改变了我们理解生物系统的方式,这对于指导我未来的实验设计和课题方向选择,具有极强的战略指导意义。我发现自己不再是仅仅为了完成手头的项目而学习工具,而是开始思考如何利用这些工具去解决领域内尚未被充分探索的关键科学问题。这本书的价值,在于它提供了一个观察未来研究趋势的望远镜,而不是仅仅记录过去的成就。

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不太适合我,没太多的有用信息

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