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出版者:高等教育出版社

作者:[美] D.W.芒特

出品人:

页数:0

译者:钟扬

出版时间:2003-09-01

价格:56

装帧:平装

isbn号码:9787040121872

丛书系列:国外优秀生命科学教材译丛

图书标签:

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好的，这是一份关于一本名为《生物信息学》的图书的简介，这份简介将聚焦于该书不包含的内容，并力求详尽，旨在描绘一本与传统生物信息学教材截然不同的书籍轮廓。 --- 图书简介：《生物信息学》（非彼“生物信息学”） 导言：重塑知识的边界 本书《生物信息学》旨在探索一个全新的、与当前主流生物信息学领域相去甚远的知识空间。我们清晰地界定，本书将不会涵盖或深入讨论当前科学界普遍认知范畴内的任何核心主题。这意味着，你无法在这本书中找到关于基因组组装算法（如De Bruijn图、Overdijk图）、序列比对技术（如Smith-Waterman、BLAST的实现细节）、系统发育树构建方法（如NJ, MP, ML）的详尽数学推导或软件应用指南。 本书的内容完全避开了高通量测序数据分析流程，因此，读者不会接触到RNA-Seq差异表达分析、ChIP-Seq峰值检测、单细胞RNA测序（scRNA-seq）的数据降维（如t-SNE, UMAP）和聚类技术的实操层面。对于蛋白质结构预测，我们不做任何关于AlphaFold、Rosetta等深度学习模型的架构剖析或预训练数据的讨论。 我们确信，对于那些渴望系统学习主流生物信息学工具和理论的读者，市面上已有多本优秀的参考书。本书则选择了一条截然不同的路径，专注于探索那些在传统学科划分中被边缘化、或尚未被完全整合进“生物信息学”这一宏大伞下的交叉领域。 第一部分：非计算的生命系统解析 本部分关注生命现象的“定性”与“哲学”层面的理解，完全抛弃了大规模数据的量化处理。 第一章：古代理论的结构重构 本章致力于考察在现代分子生物学兴起之前，哲学家和早期科学家对生命信息流动的非量化猜想。我们深入探讨了亚里士多德的“形式因”在生命遗传概念中的隐秘残余，以及十七世纪机械论者（如笛卡尔）对“动物机器”的描述如何与信息控制论产生奇特的、非数学的共振。书中不会出现任何概率论或统计推断。我们关注的是结构、类比与隐喻，而非信息熵或互信息。 第二章：形态发生场的异质性景观 传统生物学讨论发育程序（Developmental Programs）时，会援引Hox基因的表达模式或信号转导通路。本书则完全不涉及这些。相反，我们探究的是形态发生场（Morphogenetic Field）在不同文化和历史语境下的主观感知差异。例如，我们将对比文艺复兴时期艺术家对“黄金比例”在人体结构中应用的痴迷，与十九世纪德国唯意志论者对“生命力”的形而上学思辨。重点在于描述性艺术分析，而非基因调控网络建模。 第三章：符号学与生命叙事 本章将生命现象视为一种高级的符号系统，但我们规避了使用信息论中的编码/解码模型。取而代之的是，我们采纳了皮尔斯（Peirce）的三元符号学框架。我们分析“DNA”这个概念在公众话语、法律文本和科幻小说中的指意（Signification）变化。书中不会有任何关于碱基对序列的探讨，关注点完全在于符号的社会建构。 第二部分：纯粹的系统思维与抽象模型 本部分旨在构建一套脱离生物学具体例证的、纯粹的系统动力学框架。 第四章：循环反馈的拓扑学研究 虽然许多学科都涉及反馈回路，但本书刻意避免将这些回路应用于细胞信号传导、代谢网络或生态系统动态。我们研究的是抽象反馈系统的拓扑结构本身，例如，如何仅凭图形化表示来预测一个三变量系统的稳定性极限环，而这些变量可以代表任何事物（非特定的分子浓度）。数学工具仅限于非线性动力学的定性分析，不涉及任何微分方程的求解或数值积分。 第五章：基于离散状态的非遗传演化模拟 我们不讨论群体遗传学（Population Genetics），不涉及哈代-温伯格平衡、基因漂变或自然选择的数学模型。本书提出了一种基于纯粹的图论状态转移的“演化”概念。我们设定一组离散的、无生物学意义的状态节点，并定义一组严格的转移规则。演化的“成功”仅由系统达到特定预设拓扑结构的比率来衡量，这是一种纯粹的数学拓扑优化，与生命适应性无关。 第六章：算法哲学的反思 传统生物信息学深深植根于算法。然而，本书的第六章聚焦于算法思维本身对人类认知的影响，而非算法的效率或正确性。我们会探讨计算的不可判定性（Undecidability）对生命科学研究范式的潜在挑战，但我们不会讨论P vs NP问题在蛋白质折叠问题中的具体映射。我们将引用库尔特·哥德尔和维特根斯坦的论述，将其应用于对“完美预测模型”这一概念的批判性反思。 第三部分：实验的边界与“非数据”的意义 本部分探讨了实验科学的局限性，但采取了一种完全非量化的视角。 第七章：观察者与被观察者的本体论张力 本书不对量子生物学中的测量问题进行任何计算或概率分析。我们关注的是观察行为本身对生命体“真实状态”的形而上学干扰。例如，对比“在不干扰其行为的情况下理解一只蚂蚁的决策过程”这一不可能任务在不同哲学流派中的诠释。本书不会涉及任何贝叶斯推断或最大似然估计来校正观察误差。 第八章：无效数据的审美重构 我们不讨论如何“清洗”或“过滤”实验噪声。相反，我们视那些传统上被视为“无效”（Artifacts）或“背景”（Noise）的数据为信息载体。例如，分析显微镜图像中由于光路或染色剂不均导致的随机颜色斑点，并尝试从这些非生物学信号中解读出关于实验操作者状态或仪器历史的“叙事”。这是一种非结构化图像的随机模式识别，与图像处理算法无关。 结语：通往知识的异端之路 《生物信息学》这本书是一次思想的探险，它要求读者放下对具体生物学问题的精确解答的执念，转而关注那些构成知识体系的结构、隐喻和思维方式。它旨在证明，在“信息”与“生命”的交汇点上，存在一片广阔而未被主流算法工具占据的思想领地。本书不承诺提供任何可用于发表论文的工具或直接的生物学解释，它提供的，是一种对现有知识框架的彻底、审慎的回避与反思。 --- 本书读者画像： 资深学者或高阶学生，他们对当前主流生物信息学的方法论感到困惑或不满足，寻求一种纯粹的、哲学性的、或结构主义的视角来理解“信息”和“系统”的概念，并且已经熟悉主流生物信息学的基础知识，能够清晰地区分本书内容与传统学科界限。

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我一直对那些能够连接不同学科领域的研究方向充满好奇，而“生物信息学”这个词语本身就充满了这种跨越的魅力。这本书的装帧设计，尤其是那略带金属质感的书脊，让我对它充满了期待。封面上的纹理，仿佛是将无数个细胞图像叠加在一起，又像是经过算法处理后的基因序列图谱，这种视觉上的冲击力，让我感觉它不仅仅是一本书，更是一个关于生命数据世界的入口。翻阅的瞬间，我被其中清晰的目录结构所吸引，每一章节的标题都经过精心设计，既能点明主题，又能激发读者的探索欲。例如，某个章节标题叫做“基因组的语言”，我立刻联想到这或许是在探讨基因序列的编码方式，以及如何用计算语言去解读这些生命信息。书中穿插的那些示意图，色彩鲜明，结构清晰，即使在尚未深入理解其原理的情况下，也能从中感受到研究的严谨性和科学的逻辑。我非常欣赏作者在设计这些图示时所花费的心思，它们有效地将抽象的概念可视化，降低了理解门槛，让我感觉即使是初学者，也能在循序渐进的学习中逐渐掌握其中的奥秘。这本书的纸张也让我感到舒适，它不像那些过于光滑的书页那样容易留下指纹，而是带有一种温润的触感，让人愿意久久地捧在手中细细品读。

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这本书的封面设计，给我一种“沉静而强大”的感觉。深灰色的背景上，几个由细密线条组成的生物分子模型，若隐若现，仿佛隐藏着无尽的奥秘。我尤其喜欢封面角落的那个小小的、闪烁的二进制代码片段，它为整体的生物学意象注入了强烈的科技感。这本书的整体风格让我感觉非常严谨和专业，从封面设计到内容排版，都透露出一种对学术的敬畏。翻开书本，我被书中那些精美的图例所吸引，它们不仅仅是插图，更是对复杂概念的直观展示。例如，书中关于“蛋白质三维结构预测”的章节，就配有高质量的分子模型渲染图，让我能够清晰地看到蛋白质的折叠方式以及功能位点。我还注意到，作者在解释一些算法时，会详细列出其数学推导过程，并附有清晰的注解，这对于我这样对数学有一定基础的读者来说，非常有价值。这本书让我看到了生物信息学作为一门交叉学科的魅力，它将生命科学的深刻问题与计算机科学的强大工具相结合，为我们揭示生命的奥秘提供了全新的视角和方法。

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这本书的封面设计相当引人注目，深邃的蓝色背景上，错落有致地分布着各种抽象的生物分子结构和二进制代码的元素，仿佛在预示着内容将融合生物学与计算机科学的精髓。我尤其喜欢封面上那条流动的 DNA 双螺旋，它被赋予了一种科技感的光泽，在黑暗的背景中熠熠生辉，传递出生命奥秘与现代计算力量交织的信息。当我第一次翻开这本书时，一股强烈的学术氛围扑面而来，纸张的质感细腻而有韧性，油墨的颜色纯正，即使在灯光下阅读，也不会有刺眼的反光。扉页的文字简洁而有力，虽然我尚未深入阅读具体章节，但仅从排版和字体选择上，就能感受到编者和作者在细节上的用心。那些精密的图表和公式，虽然我现在还不能完全理解其含义，但它们所呈现出的严谨性和专业性，足以激起我想要去探索和学习的欲望。我期待这本书能够带领我进入一个全新的认知领域，去理解那些构成生命基础的复杂系统，并学习如何运用先进的计算工具去解析它们。这本书不仅仅是一本学术著作，更像是一扇通往未来科学研究大门的钥匙，我迫不及待地想要用它去开启一段充满发现的旅程，去感受那些隐藏在数据背后的生命律动，去领略科学家们如何用智慧和技术解开生命密码的魅力。

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这本书的封面设计，以一幅巨大的、由像素点构成的细胞图像为主体，色彩丰富，细节生动，仿佛是扫描电子显微镜下的真实景象，让我对书中可能涉及的细胞生物学和微观世界的探索充满了好奇。书的装帧质感很好，拿在手中很有分量，传递出一种厚重和可靠的感觉。当我翻阅至目录部分，我被其中详尽的分类所折服，从基础的生物学概念，到复杂的算法模型，再到实际的应用案例，几乎涵盖了生物信息学的所有重要方面。我尤其对书中关于“高通量测序数据的分析与解读”这一部分充满了期待，这似乎是当前生物信息学领域最热门的研究方向之一。书中穿插的那些案例分析，都非常贴近现实，例如，如何利用基因测序技术来研究癌症的发生机制，或者如何通过生物信息学方法来开发新型药物。这些具体的例子，让我能够更直观地理解生物信息学在解决现实世界问题中的重要作用。我还注意到，书中对一些关键的计算工具和编程语言，如Python和R，进行了详细的介绍，这对于我这样希望提升自己数据分析能力的读者来说，是极其宝贵的资源。

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这款图书的书脊设计非常有特色，采用了条形码和DNA序列交织的图案，强烈的视觉符号感，让我立刻联想到其内容与生物学和信息学的交叉。封面上抽象的生物分子结构，虽然无法明确辨认具体是哪种分子，但其复杂精密的线条，传递出生命科学的精密与深邃。翻开书本，我被其中清晰的章节划分所吸引，每一部分都像是在探索生命信息宇宙的一个新大陆。我对书中关于“生物数据的挖掘与模式识别”那一章节的标题尤其感兴趣，这似乎暗示了我们将学习如何从海量的生物数据中找出有意义的规律。我还注意到，作者在解释一些复杂的统计学原理时，会结合实际的生物学应用场景，例如，如何利用统计模型来预测基因功能，或者如何通过机器学习算法来诊断疾病。这种“理论与实践并重”的教学方式，让我觉得这本书非常有价值。书中出现的那些公式和图表，虽然我现在还不能完全理解，但它们所呈现出的严谨性，足以让我相信内容的权威性。我期待这本书能让我对生命科学的研究方法有一个全新的认识，并能掌握一些分析和解读生物数据的基本技能，为我今后的学习和研究打下坚实的基础。

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这本书的封面设计，采用了渐变的色彩，从深邃的蓝色过渡到明亮的绿色，象征着从基本生命单元到复杂生命系统的演变过程，给我留下了深刻的印象。我尤其喜欢封面上的那些细小的光点，它们仿佛是细胞核中的基因信息，又像是网络中传输的数据流，预示着书中内容将涉及数据的处理和分析。当我翻开书页，首先映入眼帘的是作者为这本书所写的引言，语言简洁而有力，表达了对生物信息学未来发展的信心和展望。我被作者的专业素养和研究热情所感染，感觉自己即将踏上一段令人兴奋的学习旅程。书中对一些生物数据可视化方法的介绍，让我大开眼界。那些生动的图表，如热图、散点图、网络图等，将复杂的生物学数据以直观易懂的方式呈现出来，让我能够更轻松地理解基因表达、蛋白质相互作用等概念。我也注意到，作者在讲解一些分析流程时，会给出详细的操作步骤和必要的软件工具建议，这对于我这样希望动手实践的读者来说，是非常实用的指导。这本书的纸张也具有很好的阅读体验，它厚实而有弹性，印刷清晰，即使长时间阅读也不会感到疲劳。

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这款图书的封面设计，采用了一种非常简洁而现代的风格，白色的背景上，用一条流动的、由点和线构成的抽象曲线，象征着数据的传输和分析过程，同时又带有一丝生命力的律动感。书的纸张手感非常舒适，是一种略带磨砂感的材质，翻阅时不会有滑腻的感觉，让我觉得非常适合长时间阅读。打开书本，我被作者开篇的引言所吸引，作者用一种非常平易近人的语言，阐述了生物信息学这门学科的起源和发展，以及它如何改变了我们对生命本质的认知。我感觉自己仿佛是在与一位经验丰富的导师进行对话，他正在引导我一步步深入这个充满魅力的领域。书中对一些常用算法的原理讲解，并没有直接从数学公式入手，而是通过生动形象的比喻和类比，让我更容易理解其内在逻辑。例如，在解释“序列比对”算法时，作者将其比作在两篇文章中寻找相似的句子，这种生动的解释方式，大大降低了我的学习难度。我还发现，书中为每个章节都设计了“思考题”和“实践练习”，这能够帮助我巩固所学知识，并将理论应用到实际操作中。

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这本书的封面上，那由无数光点汇聚而成的巨大生命树，象征着生命的多样性和演化过程，让我对它产生了浓厚的兴趣。树冠部分的设计，仿佛是闪烁的星辰，暗示了生命研究的广阔前景和无限可能。书的侧边，整齐排列的书脊，呈现出一种秩序感，也让我对接下来的阅读内容充满了信心。打开书本，首先映入的是一本序言，作者用充满激情的文字，阐述了生物信息学这门学科的意义和价值，以及它如何改变我们对生命的认知。我被作者的洞察力和前瞻性深深吸引，感觉自己即将踏上一段探索生命奥秘的精彩旅程。书中在讲解一些算法和模型时，配有清晰的流程图和伪代码，这对于我这样希望将理论与实践相结合的读者来说，是非常宝贵的资源。我特别喜欢书中对一些经典算法的介绍，例如，如何利用比对算法来寻找基因序列中的同源性，以及如何通过聚类算法来对基因表达数据进行分组。这些具体的例子，让我更容易理解抽象的数学原理在生物学研究中的应用。这本书的纸张质量也很不错，它有一种微哑的光泽，阅读起来非常舒适，不会反光，也不会有刺鼻的油墨味。

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这本书的封面设计巧妙地融合了化学元素周期表和DNA双螺旋的图案，这种视觉上的冲击力，立刻吸引了我。我一直对科学研究中那些看似微小的细节如何构建出宏大的生命体系感到好奇，而这个封面恰好点燃了我探索的欲望。翻开书本，我看到了一个非常详尽的目录，它将庞大的生物信息学领域分解成了一系列逻辑清晰的模块，从基础的生物分子结构到复杂的系统生物学分析，层层递进。书中穿插的那些案例研究，让我对理论知识的实际应用有了更深刻的认识。例如，关于抗生素耐药性基因的分析，让我看到了生物信息学在解决现实世界健康问题中的重要作用。我也注意到，作者在讲解一些算法时，并没有直接给出复杂的数学公式，而是先从直观的逻辑入手，然后再逐步引入数学模型，这种循序渐进的教学方式，对于我这样缺乏深厚数学背景的读者来说，非常有帮助。书中对一些常用生物信息学数据库的介绍，也让我对如何获取和利用海量生物数据有了初步的了解。总而言之，这本书为我打开了一个全新的世界，它让我看到了科学研究的严谨性，也感受到了大数据在生命科学领域的巨大潜力。

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这本书给我留下的第一印象是它的厚重感，不仅仅是物理上的重量，更是内容上的分量。封面采用了深沉的紫色，上面绘制着抽象的神经元网络图，交织着无数细密的连接线，给人一种神秘而智慧的感觉。这种设计暗示了书中可能涉及到的复杂系统和数据分析，让我对接下来的阅读充满了期待。当我小心翼翼地翻开书页，一股淡淡的墨香扑鼻而来，这是我一直以来对纸质书籍的偏爱。书中的排版非常考究，字号大小适中，行距也恰到好处，即使是长篇大论也不会显得拥挤。我注意到书中有很多专业术语，作者并没有简单罗列，而是通过小框或者脚注的方式进行解释，这种细致的处理方式，让我感觉作者非常体谅读者，尤其是对于我这样可能对某些领域不太熟悉的读者来说，这无疑是一种福音。我也看到了许多精美的插图，它们不仅仅是装饰，更是对书中复杂概念的形象化阐释，例如，一幅关于蛋白质折叠的图，就用非常直观的方式展现了分子运动的复杂过程。我毫不怀疑，这本书将会是一次深刻的学习体验，它将带领我进入一个充满挑战但也极具吸引力的科学领域，让我有机会去理解生命是如何在分子层面运转，又如何通过数据分析揭示其内在规律的。

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曾经一段时间专注自学的一本书

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