计算机在生命科学中的应用

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出版者:上海交通大学出版社
作者:
出品人:
页数:315
译者:
出版时间:2011-4
价格:43.00元
装帧:
isbn号码:9787313032935
丛书系列:
图书标签:
  • 生物学
  • 生命科学专业书籍
  • 中国
  • 计算生物学
  • 生物信息学
  • 生命科学
  • 计算机科学
  • 建模
  • 模拟
  • 数据分析
  • 算法
  • 基因组学
  • 蛋白质组学
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具体描述

《计算机在生命科学中的应用(修订版)》主要讲述生命科学研究中数据处理的共性问题,以matlab语言为工具,以应用为目的,全面、系统而简洁地介绍了生命科学中常用的数据处理方法。理论联系实际,通俗易懂,有助于读者较快地掌握。内容主要包括生物信息学、生命科学中的数值方法、生物统计学、生命科学实验数据处理、生命科学中的数学模型及其求解、生命科学实验设计、生命科学中的常用软件等几个部分,具体实例涉及生命科学中的各个领域,重点相对突出。《计算机在生命科学中的应用(修订版)》可以作为从事生命科学领域工作科技人员的参考书,也可以作为相关专业高年级本科生、研究生的参考书籍。

《生命图谱:解码生物世界的奥秘》 内容简介: 在浩瀚的宇宙中,生命以其千姿百态的形式展现着令人惊叹的复杂性和精妙性。从微观的DNA螺旋到宏观的生态系统,生物世界的每一个角落都蕴藏着无尽的奥秘,等待着我们去探索和理解。本书《生命图谱:解码生物世界的奥秘》正是为怀揣好奇之心、渴望深入了解生命本质的读者精心打造的科普读物。它将带领您穿越时空的界限,跨越物种的藩篱,揭示生命演化的壮丽画卷,解析生命体运作的精巧机制,并展望生命科学未来的无限可能。 本书并非一本枯燥的学术专著,而是以引人入胜的叙事方式,将复杂的科学概念化繁为简,用生动形象的语言和贴近生活的例子,让您在轻松阅读中领略生命科学的魅力。我们将从生命起源的古老谜团出发,追溯地球上第一个细胞的诞生,探讨生命如何克服环境的严酷考验,逐步演化出今日丰富多彩的生命形式。您将跟随科学家们的脚步,了解DNA如何储存着生命的蓝图,基因如何在代际间传递着遗传信息,以及蛋白质如何在细胞内部扮演着至关重要的角色。 第一部分:生命的起源与演化 在本书的开篇,我们将一同踏上一段溯源之旅,回到地球生命的黎明。从混沌初开的原始海洋,到第一个能够自我复制的分子,生命的起源是科学界最令人着迷的课题之一。我们将深入探讨关于生命起源的各种假说,从无机物到有机物,从简单的化学反应到复杂的生命结构,一步步还原生命诞生的可能路径。您将了解到,生命并非一蹴而就,而是经过漫长而艰辛的演化过程,才逐渐丰富和壮大。 随后,我们将聚焦于生命演化的宏伟图景。达尔文的进化论是如何深刻地改变我们对生命的认知?自然选择、基因突变、遗传漂变等机制是如何驱动着物种的演化?本书将为您一一解答。我们将通过具体的案例,例如鸟类翅膀的形成、鲸鱼四肢的退化,以及植物对不同环境的适应,来生动地阐释演化论的原理。您将看到,每一个生物体都承载着数百万年乃至数十亿年的演化印记,是自然选择的杰作。 我们还将探讨生命多样性的根源。为什么地球上存在着如此丰富多样的生物?从单细胞生物到参天古木,从微小的昆虫到庞大的哺乳动物,它们是如何在各自的生态位上繁衍生息的?本书将带您领略不同生物群的独特之处,理解它们之间复杂的相互作用,以及环境因素是如何塑造生物的形态和习性的。 第二部分:生命体内的精巧机制 在理解了生命的宏观演化之后,我们将深入生命体内部,探索其精巧运作的奥秘。本书将以细胞为基本单位,为您揭示生命活动最根本的层面。您将了解到细胞的结构和功能,从细胞膜的通透性,到细胞核中储存的遗传物质,再到线粒体提供的能量,每一个组成部分都发挥着不可替代的作用。 DNA,这条双螺旋长链,是生命的密码本。我们将深入解读DNA的结构,了解基因是如何编码蛋白质的,以及基因表达是如何受到精确调控的。您将明白,为什么我们会有不同的外貌特征,为什么某些疾病会在家族中遗传,这些都与DNA息息相关。 蛋白质,是生命活动的执行者。它们参与到身体的几乎每一个过程中,从构建身体组织,到催化化学反应,再到传递信号。本书将介绍一些重要的蛋白质家族,例如酶、激素、抗体等,并解释它们是如何协同工作,维持着生命的正常运转。 免疫系统,是人体的守护者。它像一支训练有素的军队,时刻警惕着外来入侵者,保护我们的身体免受病原体的侵害。您将了解到免疫系统是如何识别和消灭细菌、病毒等,以及疫苗是如何帮助我们建立起强大的免疫屏障。 神经系统,是生命的指挥中心。它负责接收和处理来自外界的信息,并向身体各部分发送指令。我们将探索神经元的结构和功能,了解信号是如何在神经系统中传递的,以及大脑是如何进行思考、记忆和学习的。 第三部分:生命的挑战与未来 生命并非一帆风顺,它也面临着诸多挑战。本书将探讨一些影响生命生存和发展的关键因素。我们将关注疾病的发生机制,从基因突变导致的遗传病,到病毒感染引起的传染病,再到癌症等复杂疾病,了解它们是如何影响我们的健康。 同时,我们也看到人类的活动对地球生命带来的深远影响。环境污染、气候变化、物种灭绝等问题,正在威胁着地球上无数生命的生存。本书将呼吁大家关注这些生态危机,理解保护生物多样性的重要性,并思考我们应该如何与自然和谐共处。 展望未来,生命科学的发展充满了无限的可能。基因编辑技术、再生医学、合成生物学等前沿领域,正在以前所未有的速度改变着我们对生命的认知,并为解决人类面临的健康和环境问题提供了新的途径。本书将为您介绍这些激动人心的科学进展,并探讨它们可能带来的伦理和社会挑战。 《生命图谱:解码生物世界的奥秘》不仅仅是一本书,更是一扇通往生命奇妙世界的大门。它旨在激发您对生命科学的兴趣,培养您的科学思维,并帮助您更好地理解自己和周围的世界。无论您是初次接触生命科学的学生,还是对生命奥秘充满好奇的普通读者,相信本书都将为您带来一次难忘的知识探索之旅。让我们一起翻开生命的画卷,解码隐藏在每一个分子、每一个细胞、每一个生命体中的精彩故事。

作者简介

目录信息

读后感

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用户评价

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说实话,刚拿到《计算机在生命科学中的应用》时,我还有点担心它会过于偏重晦涩的计算机科学术语,毕竟我的强项在于细胞生物学和发育生物学。但令人惊喜的是,作者在介绍复杂算法时,总能巧妙地用生物学语言进行类比和解释,极大地降低了我的阅读门槛。书中对计算病理学的发展脉络梳理得非常清晰,从早期的图像分割技术到现在的AI辅助诊断系统,每一步的演进都解释得逻辑严密。我尤其欣赏它对“可解释性AI(XAI)”在临床决策支持中应用的探讨,这解决了许多医生对“黑箱模型”的根本担忧。文字流畅,叙事节奏把握得非常好,读起来一点也不觉得枯燥,反而像是在听一位经验丰富的导师娓娓道来。它让我开始重新审视我们实验室每天积累的数TB级别的显微镜图像数据,意识到其中蕴藏的尚未被挖掘的巨大信息宝藏。这本书无疑拓宽了我对现代生物学研究范式的认知,从湿实验的精细操作,延伸到了数据世界的宏大叙事。

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我从一位生态学研究者的角度来评价这本书,坦白讲,最初我以为它会完全聚焦于分子生物学,但它在宏观生态系统建模方面的覆盖同样出色。书中关于生态网络分析和物种分布模型(SDM)中集成机器学习方法的介绍,为我们处理野外采集的复杂环境DNA(eDNA)数据提供了坚实的理论基础。作者没有回避生态学数据中固有的高噪声和稀疏性问题,而是详细论述了贝叶斯方法和高斯过程回归如何有效地对这些不确定性进行量化和管理。这与我过去依赖的传统统计模型形成了鲜明的对比,计算的引入让我的模型预测精度有了质的飞跃,尤其是在气候变化对物种迁移影响的预测上。这本书的行文风格偏向于一种冷静、客观的科学论证,数据可视化部分的建议也极其具有操作性,帮助我们将复杂的生态系统动态以直观的方式呈现给非专业人士。总而言之,它成功地搭建起了一座连接传统生态学与现代计算科学的坚实桥梁。

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作为一名资深的生物物理学家,我对这本书中关于分子动力学模拟和量子化学计算的部分给予最高的评价。这些章节的撰写展现了作者深厚的跨学科功底,并非简单的知识堆砌。他们不仅详尽阐述了诸如Monte Carlo方法在构象采样中的应用原理,还深入分析了如何优化大规模并行计算(HPC)集群以加速蛋白质折叠模拟的效率。书中对不同计算力场的优缺点进行了批判性对比,这在很多同类教材中是看不到的,通常只是一味推崇某种方法。通过阅读这些内容,我成功地优化了我们当前模拟体系的参数设置,显著减少了达到平衡态所需的时间,这对于我们研究膜蛋白的动态行为至关重要。此外,书中关于高通量筛选数据处理的统计学严谨性也令人信服,确保了从计算结果到实验预测的可靠过渡。这本书不仅仅是介绍工具,更是在传授一种严谨的、基于计算思维的研究哲学。

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这本书给我的感觉是“与时俱进”的典范。很多旧有的计算生物学书籍内容陈旧,无法跟上近年来的技术爆炸。然而,《计算机在生命科学中的应用》却紧密贴合了CRISPR基因编辑、单细胞测序(scRNA-seq)以及空间转录组学等最新热点。它对scRNA-seq数据降维和细胞簇识别的算法选择,提供了非常实用的决策树,帮助初学者迅速定位到最适合自己数据的分析管线。更让我印象深刻的是,书中专门用一章的篇幅讨论了生物大数据集的安全、隐私保护以及联邦学习在跨机构数据共享中的潜力,这触及了当前生命科学研究中日益重要的伦理和基础设施层面。这种对“未来趋势”的预见性和系统性论述,使得这本书的价值远远超出了单纯的技术手册范畴。它像是一份面向未来十年的科研路线图,指引着我们如何利用计算能力去解决尚未被解决的生物学难题。

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这本《计算机在生命科学中的应用》简直是为我这种跨界学习者量身定制的宝典!我原本是生物信息学背景,对前沿的计算方法总是感觉隔了一层纱,读完这本书后,感觉豁然开朗。书里对比如深度学习在蛋白质结构预测、基因组测序数据分析中的具体算法介绍,简直是手把手教学。作者没有仅仅停留在理论层面,而是非常细致地讲解了如何将这些复杂的数学模型有效地映射到生物学问题上,例如如何处理高维度的组学数据,以及如何利用图神经网络来模拟复杂的分子相互作用网络。特别值得称赞的是,书中还穿插了大量的实际案例分析,让我看到了理论是如何转化为具有实际指导意义的科研成果的。那些关于大数据集处理和云计算资源优化的章节,对于我们实验室日常工作效率的提升有立竿见影的效果。我感觉自己不再是一个单纯的生物实验操作者,而是能够真正驾驭数据洪流的“信息炼金术士”了。这本书的深度和广度都达到了一个极高的水准,绝对是工具书和前沿指南的完美结合,推荐给所有希望在数据驱动时代引领科研方向的生命科学家。

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从来没认真读过

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八百年不更新的书 张院长杰作

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