Real-Time PCR in Practice

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出版者:
作者:Wilhelm, Jochen
出品人:
页数:0
译者:
出版时间:
价格:888.00 元
装帧:
isbn号码:9783527316878
丛书系列:
图书标签:
  • Real-Time PCR
  • qPCR
  • Molecular Biology
  • PCR
  • Diagnostics
  • Biotechnology
  • Genetics
  • Life Sciences
  • Laboratory Techniques
  • Assay Development
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具体描述

qPCR 实用指南:从基础到进阶的应用策略 《qPCR 实用指南》是一本深入探讨实时定量聚合酶链式反应(qPCR)技术的实践性著作。本书旨在为科研人员、技术人员以及对分子生物学技术感兴趣的学生提供全面而详尽的操作指导和应用策略。本书并非一本理论教科书,而是专注于将 qPCR 的复杂原理转化为易于理解和掌握的实践步骤,帮助读者在实验中少走弯路,高效准确地获取可靠数据。 本书内容聚焦于以下几个核心板块: 第一部分:qPCR 的原理与实验设计 qPCR 的基本原理回顾: 我们将简要回顾 PCR 的基础知识,并重点阐述 qPCR 如何通过荧光信号实时监测 DNA 扩增过程。这部分内容将以直观的图示和简洁的语言,帮助读者理解荧光染料法(SYBR Green)和荧光探针法(TaqMan)等不同检测机制的差异与优势。 成功的 qPCR 实验设计: 实验的成功与否很大程度上取决于前期的设计。本章将深入剖析影响 qPCR 结果的各种因素,包括: 目标基因的选择与引物/探针设计: 如何选择最适合的靶基因,以及设计高效、特异性强的引物和探针,并介绍常用的引物设计软件和验证方法。 内参基因的选择与验证: 强调选择稳定表达的内参基因对于准确定量的重要性,并提供多种内参基因验证策略,以确保结果的可靠性。 样本采集、储存与 RNA 提取: 详细介绍不同类型样本(血液、组织、细胞等)的最佳采集和储存方法,以及各种 RNA 提取方法的选择与优化,确保提取到高质量的 RNA。 cDNA 合成的优化: 探讨影响 cDNA 合成效率的因素,如逆转录酶的选择、反应体系的优化,以及如何通过优化步骤提高 cDNA 产量和质量。 实验分组与重复设置: 讲解如何科学合理地设置实验分组和技术重复、生物学重复,以保证统计学分析的有效性。 第二部分:qPCR 的仪器操作与优化 qPCR 仪器的选择与维护: 简要介绍市场上常见的 qPCR 仪器类型,并提供选择仪器的考量因素。同时,强调仪器的日常维护和校准对于数据准确性的重要性。 优化 qPCR 反应体系: 本章将提供详细的步骤和建议,帮助读者优化 qPCR 的关键反应参数,包括: 模板浓度优化: 如何确定最佳的 cDNA 模板起始量,避免抑制或效率低下。 引物/探针浓度优化: 确定引物和探针的最佳摩尔比,最大限度地提高扩增效率和特异性。 dNTPs、MgCl2 浓度优化: 探讨这些关键组分浓度对反应效率和特异性的影响。 退火温度优化: 通过梯度 PCR 技术,找到最佳的退火温度,减少非特异性扩增。 循环次数优化: 确定合适的扩增循环次数,以获得足够的信号,同时避免“平台期”的出现。 SYBR Green 法与荧光探针法的具体操作流程: 分别提供 SYBR Green 法和荧光探针法详细的实验操作步骤,包括试剂准备、反应管的准备、仪器参数的设置等。 常见的 qPCR 实验问题与解决方案: 汇总 qPCR 实验中可能出现的各种问题,如低扩增效率、非特异性扩增、高背景荧光、Ct 值波动等,并提供系统性的排查思路和解决方案。 第三部分:qPCR 数据的获取、分析与解读 qPCR 数据的初步处理: 介绍仪器自带的初步数据处理功能,如基线校正和阈值设定,并深入探讨如何正确设定这些参数以获得准确的 Ct 值。 相对定量方法: ΔCt 法: 详细讲解 ΔCt 法的原理和计算方法,并提供实际操作示例。 ΔΔCt 法: 阐述 ΔΔCt 法在比较不同处理组或基因表达水平变化中的应用,并分析其优势与局限性。 标准曲线法(绝对定量): 介绍如何构建标准曲线,以及利用标准曲线进行绝对定量的步骤和注意事项。 数据分析软件的使用: 推荐并介绍常用的 qPCR 数据分析软件,指导读者如何导入数据、进行计算和图表绘制。 结果的解读与报告: 强调根据实验设计和分析结果,科学、准确地解读 qPCR 数据,并提供撰写实验报告的关键要素。 第四部分:qPCR 的进阶应用与案例分析 基因表达差异分析: 结合实际研究案例,展示如何利用 qPCR 研究基因在不同条件下(疾病状态、药物处理、发育阶段等)的表达变化。 miRNA 定量分析: 讲解针对 miRNA 的 qPCR 检测方法和注意事项。 病原体检测: 介绍利用 qPCR 进行细菌、病毒等病原体的快速、灵敏检测。 基因分型与 SNP 检测: 探讨利用 qPCR 技术进行基因分型和单核苷酸多态性(SNP)的研究。 高通量 qPCR: 简要介绍高通量 qPCR 平台及其在基因筛选和验证中的应用。 质量控制与数据可靠性: 强调在 qPCR 实验中进行严格的质量控制的重要性,包括对试剂、仪器、操作和数据的多方面把关,以确保研究结果的可靠性和可重复性。 《qPCR 实用指南》以清晰的结构、丰富的图例和详实的步骤,致力于成为您在 qPCR 实验道路上的可靠助手。本书将帮助您深入掌握 qPCR 的精髓,自信地开展各类分子生物学研究,并最终取得突破性的科研成果。

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读后感

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用户评价

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这本书的排版和图示质量,说实话,在实验技术书籍里算是顶尖的了。那些流程图和示意图,简直是艺术品级别的清晰度。我尤其喜欢它对不同检测模式(如溶解曲线分析、高分辨率熔解曲线分析)的对比图解,每一个峰形的变化都标注得清清楚楚,甚至连不同热循环仪的温度梯度对结果的影响都用图形化地展示出来了。在数据分析部分,它没有仅仅停留在对$2^{-DeltaDelta C_t}$公式的介绍,而是详细对比了使用线性回归模型、非线性最小二乘法拟合等多种定量分析方法在处理低拷贝数样本时的优劣。有一章节专门讨论了如何使用R语言和特定的包进行数据标准化和质量控制,这对于当前要求数据可追溯性和高标准的科研环境来说,是极具前瞻性的内容。我发现,许多同行在展示数据时,往往只展示了最终的Ct值,而这本书教会了我如何更好地报告扩增效率和R方值,极大地提升了我报告的专业度。

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这本书绝对是实验设计和数据分析的圣经!我拿到它的时候,首先被其详尽的章节划分所震撼,感觉作者真是把每一个环节都考虑到了。特别是在优化反应体系和探针选择的部分,简直是把我之前踩过的那些坑都一一指了出来,配有大量图表和实际案例,让人一看就懂,不再是那种晦涩难懂的理论堆砌。比如,关于内参基因的筛选,书中不仅列出了常见的备选基因,还深入探讨了在不同组织样本中它们表达稳定性的差异,并提供了稳健性验证的详细步骤和统计学工具推荐。这对于我们做高通量筛选的课题组来说,简直是节省了无数的试错成本。我尤其欣赏它对“常见问题解答”部分的重视,很多教科书避而不谈的、只有在实际操作中才会遇到的棘手问题,比如扩增曲线的平台期过早出现、Ct值漂移严重等,作者都给出了非常实用的排除故障指南。读完这部分,我感觉自己对PCR的整个流程的掌控力提升了一个档次,从样品制备的微小细节到最终报告的呈现,都建立了一套严谨的标准操作流程。这不仅仅是一本操作手册,更像是一位经验丰富的老前辈在手把手地带你入门。

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坦率地说,这本书的侧重点非常“实用主义”,但这种实用主义是建立在对前沿技术的深刻洞察之上的。它没有花太多篇幅去描述那些已经被淘汰的、或者在临床应用中已不再主流的技术变体,而是聚焦于当下最热门、最能解决实际问题的应用场景,比如微流控芯片上的即时检测(Point-of-Care Testing, POCT)的兼容性设计,以及如何应对环境样本中常见的PCR抑制剂问题。关于抑制剂的章节,简直是我的“救命稻草”,它不仅枚举了常见的抑制剂(如腐殖酸、EDTA、蛋白质),还提供了基于经验的稀释倍数建议和专门的抑制剂去除方案的流程图。这种紧贴临床和环境科学实际需求的案例导向,使得这本书的知识转化率极高。我感觉作者是真正沉浸在一线的实验室里多年,才能总结出这些“经验之谈”,这些内容是纯粹的理论教材里绝对找不到的宝贵财富。

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我得说,这本书的理论深度和广度是超乎我预期的,它完全超越了那种仅停留在“如何按步骤操作”的层面。它花了相当大的篇幅去深入剖析了荧光信号产生和收集的物理化学基础,这对于理解为什么某些优化策略会奏效至关重要。比如,对不同荧光染料(TaqMan、杂交探针、EvaGreen等)的激发和淬灭效率的分子动力学解释,我花了很长时间去细细品味那些化学结构图,对理解反应的动力学窗口非常有帮助。更让我印象深刻的是,它在探讨定量误差来源时,把系统误差和随机误差分得非常清楚,并给出了不同误差来源的量化方法,比如基于标准曲线的效率评估与基于标准品的绝对定量之间的差异对比。这对于我们撰写高水平期刊论文时,如何科学地讨论和量化实验的不确定性,提供了坚实的理论支撑。这本书的内容组织逻辑性极强,从基础原理到高级应用层层递进,确保读者在应用复杂技术之前,已经对背后的科学逻辑有了透彻的理解,而不是盲目地套用公式。

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对于初入分子生物学领域的研究生来说,这本书的“学习路径规划”功能非常强大。它不是那种一口气把所有东西都塞给你的书籍,而是非常清晰地划分了“基础掌握”、“进阶优化”和“疑难排解”三个层次。初学者可以先啃完基础部分,建立起对实时荧光信号捕获的完整认知;等积累了一定经验后,再回头看进阶部分关于高精度数字PCR(dPCR)的原理和操作对比,就能更好地理解两者在绝对定量上的区别与优势互补。我特别喜欢它在总结部分对不同技术平台(如基于探针、基于光散射等)的未来发展趋势的预测,这些预测现在看来已经有很大一部分成为了现实。这本书的价值在于,它不仅教会你如何“做”实验,更教会你如何“思考”实验设计背后的逻辑链条,并且为你指明了未来几年该技术可能发展的方向,这对于制定长期的研究计划是极其宝贵的战略指导。

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