《DNA和蛋白質序列數據分析工具》全書共分9章。第1章，闡述序列比較的核心方法，即運用BLAST和ClustalX等工具做序列比對。第2章，重點介紹核苷酸序列分析工具，主要包括：基因可讀框的識彆，CpG島、轉錄終止信號和啓動子區域的預測分析，用mRNA序列預測基因等。第3章，介紹電子剋隆的概念和具體操作方法。第4章，用MEGA4做分子進化遺傳分析，繪製係統進化樹，為研究基因進化打好基礎。第5章，對蛋白質基本理化性質、二級結構、結構域和三維空間結構、預測目標蛋白的生物學功能等工具做逐一介紹。第6章，通過Gene Ontology和KEGG兩個數據庫，挖掘基因和蛋白質的功能並做代謝途徑分析。第7章，利用X!Tandem軟件鑒定蛋白質的串聯質譜數據，進而預測蛋白質；同時藉助TPP軟件包進行蛋白質組學數據統計學分析，優化檢索結果。第8章，使用TqVl4軟件實現芯片的數據采集和標準化處理，並藉助GenMAPP軟件挖掘芯片數據的生物學意義。第9章，通過Cytoscape軟件演示，介紹係統生物學分析概況，展示蛋白質-蛋白質相互作用，應用插件做網絡結構分析。書後附有專業詞中英文對照。
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