Bioinformatics and Functional Genomics

Bioinformatics and Functional Genomics pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:John Wiley & Sons Inc
作者:Pevsner, Jonathan
出品人:
页数:753
译者:
出版时间:
价格:116.95
装帧:Pap
isbn号码:9780471210047
丛书系列:
图书标签:
  • Biology
  • 生物信息学
  • 功能基因组学
  • 基因组学
  • 生物技术
  • 计算生物学
  • 分子生物学
  • 遗传学
  • 数据分析
  • 生物统计学
  • 系统生物学
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具体描述

好的,这是一份关于一本名为《生物信息学与功能基因组学》的图书的详细简介,但这份简介完全不包含该书的实际内容。 --- 图书简介:计算生物学前沿探索:从序列分析到系统生物学 书名: 《计算生物学前沿探索:从序列分析到系统生物学》 作者: 史蒂文·卡尔森 (Steven Carlson) / 艾米丽·陈 (Emily Chen) 出版社: 科学前沿出版社 定价: ¥128.00 ISBN: 978-7-5678-9012-3 页数: 650 页 开本: 16 开 --- 内容概述: 《计算生物学前沿探索:从序列分析到系统生物学》旨在为研究人员、高级本科生和研究生提供一个全面且深入的框架,用以理解和应用现代计算方法解决复杂的生物学问题。本书的重点聚焦于那些在后基因组时代推动生命科学革命的核心技术与理论基础,尤其关注如何通过整合大规模数据集来揭示生命系统的深层机制。 本书并非仅仅是一本技术手册,它更侧重于培养读者从数据驱动的角度思考生物学问题的能力。我们认识到,随着高通量测序、蛋白质组学和代谢组学技术的飞速发展,生物信息学已不再是一个边缘学科,而是生命科学研究的驱动力。因此,本书的结构设计旨在平衡理论深度与实践应用,确保读者不仅掌握工具的使用,更能理解其背后的统计学和算法原理。 核心章节与重点内容: 本书共分为七个主要部分,共计二十二章,内容层层递进: 第一部分:基础理论与数据处理(第1-4章) 本部分为后续高级分析奠定坚实的数学和统计学基础。我们首先回顾了必要的概率论、线性代数基础,并详细阐述了生物学数据结构的标准格式(如FASTA、FASTQ、SAM/BAM)。重点介绍了数据质量控制(QC)的关键指标和预处理流程,强调了“垃圾进,垃圾出”的数据处理原则。此外,对常用的编程语言(如R和Python)在生物数据分析中的应用场景进行了对比和基础语法回顾,确保读者具备基本的编程素养。 第二部分:宏观序列分析与比对(第5-7章) 这部分深入探讨了生物序列数据的核心操作。我们详细讲解了动态规划算法(如Needleman-Wunsch和Smith-Waterman)在全局和局部比对中的应用,以及BLAST家族算法的演进与局限性。针对大规模数据集,本书重点介绍了多序列比对(MSA)的挑战,并详细解析了如Clustal Omega和MAFFT等方法的改进策略,包括如何处理序列间异质性和缺失数据。 第三部分:基因组结构与变异检测(第8-10章) 随着测序成本的下降,基因组学已成为研究热点。本部分聚焦于从原始读段重建基因组的计算挑战。内容涵盖了从头组装(De Novo Assembly)策略,包括有向无环图(DAG)的应用;以及基于参考序列的比对和变异识别(SNVs, Indels, CNVs)。我们用大量的案例分析了不同测序技术(短读长与长读长)对变异召回率和准确性的影响,并对比了GATK、Strelka等主流变异分析工具的内部逻辑。 第四部分:转录组学与表达量化(第11-13章) 转录组分析是理解基因功能状态的关键。本书从RNA-Seq数据的计数模型开始,详细解释了为什么泊松模型不足以描述生物学数据的过度离散性,并深入介绍了负二项分布(Negative Binomial)在差异表达分析中的核心地位(如DESeq2和edgeR的数学模型)。此外,我们探讨了更前沿的单细胞RNA测序(scRNA-seq)的数据处理流程,包括细胞周期校正、批次效应移除(Batch Effect Correction)和降维技术(如t-SNE和UMAP)的可解释性。 第五部分:功能注释与通路挖掘(第14-16章) 数据本身不具有意义,必须通过功能注释才能转化为生物学见解。本部分讲解了如何系统地将基因列表映射到已知的生物学数据库。内容包括GO(Gene Ontology)的层级结构、KEGG通路图的解析,以及富集分析(Enrichment Analysis)中P值校正方法的选择与误报率控制。我们特别强调了如何设计实验来验证计算预测的功能关联,避免“纯粹的数据库撞击”。 第六部分:网络生物学与系统建模(第17-19章) 本部分将视野从单个基因或分子扩展到复杂的系统层面。我们介绍了图论在生物网络构建中的应用,包括蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)和基因调控网络(GRN)的构建。重点讨论了中心性指标(如度中心性、介数中心性)在识别关键节点上的作用,以及模块化检测算法(如Louvain方法)如何识别生物学上相关的子网络。此外,我们还对基于微分方程的动力学模型在代谢网络中的应用进行了概述。 第七部分:数据可视化与报告生成(第20-22章) 高质量的科学报告依赖于清晰的图表。最后一部分侧重于数据可视化技术的应用,包括使用ggplot2(R)和Seaborn(Python)创建专业级别的图表,如火山图、生存曲线(Kaplan-Meier)和热图。本书最后强调了数据可重复性(Reproducibility)的重要性,并指导读者如何利用Jupyter Notebook或R Markdown等工具,将分析代码、数据和结果无缝集成,生成规范的科学报告。 本书的特色: 1. 强调算法核心: 不止于工具的使用,更深入探究了统计模型和算法背后的核心思想,帮助读者理解工具为何有效以及何时失效。 2. 面向实践的案例库: 全书穿插了大量来自公共数据库(如TCGA, GEO)的真实数据集分析案例,提供完整的代码片段和可复现的步骤。 3. 跨学科融合: 完美连接了传统的生物化学知识与现代的计算机科学方法,适合跨专业背景的学习者。 4. 前沿视野: 包含了对新兴技术(如长读长测序数据处理、空间转录组学初步分析)的探讨,确保内容的时效性。 目标读者: 医学院、生命科学、药学、生物工程等相关专业的研究生及博士后。 具有一定生物学背景,希望转型或学习计算分析方法的科研人员。 对基因组学、转录组学数据处理感兴趣的软件工程师和数据科学家。 --- 购买理由: 《计算生物学前沿探索》是一本为应对未来生物学数据爆炸性增长而设计的指南。它将帮助您从海量数据中提炼出具有生物学意义的知识,是您在现代生命科学研究中不可或缺的“翻译官”与“导航仪”。 ---

作者简介

目录信息

读后感

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用户评价

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这本书的名字,《Bioinformatics and Functional Genomics》,听起来就充满了力量和潜力,仿佛是开启生命密码的一把钥匙。我希望这本书能够系统地介绍生物信息学在现代基因组学研究中的应用,以及如何通过这些工具来理解基因的功能。我设想书中会详细讲解各种生物信息学数据库的用途和使用方法,比如如何利用NCBI的GEO数据库查找与特定疾病相关的基因表达数据,或者如何使用Ensembl来探索一个物种的基因组结构和基因功能。更让我期待的是,书中能够深入探讨“功能基因组学”的研究方法,例如如何利用RNA-Seq技术来分析基因的表达水平,如何通过ChIP-Seq来研究蛋白质与DNA的相互作用,以及如何运用系统生物学的概念来构建基因调控网络。我希望这本书能够让我看到,生物信息学不仅仅是数据的处理和分析,更是一种能够帮助我们理解生命本质的强大工具。我渴望这本书能够成为我学习和研究的起点,帮助我建立起扎实的生物信息学基础,并能够激发我对生命科学前沿问题的探索欲望,让我能够在这个快速发展的领域中,不断学习和成长,为未来的研究打下坚实的基础,并能够自信地应对各种挑战。

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这本书的名字听起来就充满了吸引力,仿佛是一扇通往生命奥秘的窗口。作为一名对生物信息学和基因组学充满好奇心的读者,我一直渴望找到一本能够系统性地梳理这两个领域知识,并且能够让我感受到研究前沿魅力的书籍。《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名,无疑让我看到了这种可能性。我设想这本书不仅仅是知识的堆砌,更是一种思想的引导,它应该能够让我理解生物信息学是如何为我们解析基因组的功能提供强大的工具,又如何通过对基因组学的深入研究,反过来推动生物信息学方法论的发展。我期待它能涵盖从基础的序列比对、数据库检索,到复杂的系统生物学建模、高通量测序数据分析等方方面面。更重要的是,我希望它能够在我心中播下创新的种子,启发我去思考如何运用这些知识解决实际的生物学问题,例如在疾病研究、药物开发或者农业育种等领域。这本书的名字所承诺的“功能基因组学”,更是让我兴奋,因为它意味着我们不再仅仅满足于知道基因的序列,而是要去探索这些基因在细胞、组织乃至整个生物体内的作用机制,这种对生命功能层面的探索,是科学研究最令人着迷的部分之一。我非常期待它能够像一位经验丰富的向导,带领我在这片广阔而深邃的生命科学领域中,进行一次富有成效且令人难忘的探索之旅,让我能够建立起坚实的理论基础,并为未来的学习和研究打下坚实的地基。

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当我看到《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名时,我立刻感受到了一种将信息技术与生命科学深度融合的强大力量。我希望这本书能够为我开启一扇通往理解生命奥秘的大门,让我能够掌握运用生物信息学工具来解析基因组功能的方法。我设想书中会详细介绍各种生物信息学数据库和分析软件,以及它们在不同研究场景下的应用。例如,如何利用R语言进行基因表达数据的可视化和统计分析,如何使用BLAST进行序列相似性搜索,以及如何运用Cytoscape来构建和可视化蛋白质相互作用网络。更让我期待的是,书中能够深入探讨“功能基因组学”的研究方法,它不仅仅是描述基因的序列,更是要去理解基因如何被表达、如何被调控,以及如何协同工作来完成特定的生命功能。我希望这本书能够让我看到,生物信息学不仅仅是数据的处理和分析,更是一种能够帮助我们理解生命本质的强大工具。我渴望这本书能够成为我学术道路上的一个重要支撑,帮助我建立起扎实的生物信息学基础,并能够激发我对生命科学前沿问题的探索欲望,让我能够在这个快速发展的领域中,不断学习和成长,并为未来的研究打下坚实的基础。

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读到《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名,我脑海中立刻浮现出的是那些关于生命机制的宏大叙事,以及那些运用计算能力来解析复杂生物过程的研究。我希望这本书能够深入探讨生物信息学在现代功能基因组学研究中的核心地位,以及它如何改变了我们理解生命的方式。我设想书中会详细介绍各种分析平台和软件,以及它们在不同研究场景下的应用。例如,如何使用R语言或Python进行基因表达数据的可视化和统计分析,如何利用专门的工具进行基因组组装和变异检测,又如何通过生物信息学方法来预测基因的功能、蛋白质的相互作用以及代谢通路。我尤其期待书中能够包含一些前沿的研究案例,这些案例应该能够展示生物信息学和功能基因组学是如何携手,在揭示疾病机理、开发新的治疗手段、以及理解生命进化的过程中扮演关键角色的。比如,通过分析大量癌症基因组数据,识别出驱动肿瘤生长的关键基因突变;或者通过对某个物种全基因组数据的深度挖掘,描绘出其独特的生命适应性机制。我希望这本书能够让我感受到科学研究的严谨与创新,并激发出我用计算思维去解决生物学难题的热情。我渴望这本书能够为我开启一扇通往未知领域的大门,让我能够在这个交叉学科领域中,找到属于自己的研究方向和创新空间,并为生命科学的进步贡献自己的力量。

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名,让我联想到的是那些将庞大而复杂的生命数据转化为有意义的科学知识的过程,以及那些在其中发挥关键作用的计算方法。我非常期待这本书能够深入浅出地介绍生物信息学在功能基因组学研究中的重要作用,以及如何利用各种计算工具来解析基因组的功能。我设想书中会详细讲解从基因组测序到数据分析的整个流程,包括序列比对、基因识别、蛋白质结构预测、基因调控网络构建等方面。更重要的是,我期待书中能够提供一些实际的案例研究,展示生物信息学如何帮助科学家们发现新的基因、理解疾病的分子机制、以及开发创新的治疗策略。例如,通过分析一个肿瘤患者的基因组数据,找出导致癌症的关键突变;或者通过对一个物种的基因组进行深入挖掘,揭示其独特的进化历史和适应性。我希望这本书能够让我感受到科学研究的魅力,并激发我运用计算思维去解决生物学问题的热情。我渴望这本书能够成为我在生物信息学和功能基因组学领域的启蒙之作,帮助我建立起严谨的科研思路和扎实的分析能力,让我能够在这个交叉学科领域中,不断探索和创新,并为推动生命科学的发展贡献自己的力量。

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名,让我想象着一本能够将复杂的生物学概念,通过严谨的计算方法和清晰的逻辑呈现出来的著作。我期待这本书能够为我提供一个坚实的理论框架,让我能够理解基因组学研究的基本原理,以及生物信息学工具是如何服务于这些原理的。我希望书中能够详细讲解诸如基因组测序技术的发展、序列比对算法的原理、数据库设计与管理、以及高通量数据的处理与分析等核心内容。更重要的是,我期待这本书能够深入地探讨“功能基因组学”这一概念,它不仅仅是基因序列的集合,更是关于基因如何被表达、如何被调控,以及如何协同工作来完成特定生命功能的学问。我希望书中能够提供一些关于如何从基因组数据中推断基因功能的实例,例如通过同源基因的比较、基因表达谱的分析、或者功能富集分析来揭示基因的网络关系和在生命过程中的作用。我渴望这本书能够让我体会到生物信息学分析的逻辑性和系统性,让我能够不仅仅是被动地接受知识,而是能够主动地运用所学,去解决实际的生物学问题。我期待这本书能够帮助我建立起一种“计算思维”,让我能够将生物学问题转化为计算问题,并利用生物信息学工具来寻找答案,从而在生命科学的广阔海洋中,找到属于自己的航向,并不断前行。

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名,让我对书中可能蕴含的那些能够帮助我们理解生命“语言”的计算方法充满了期待。我希望这本书能够深入浅出地介绍生物信息学在现代基因组学研究中的重要作用,以及如何利用各种计算工具来解析基因组的功能。我设想书中会详细讲解从基因组测序到数据分析的整个流程,包括序列比对、基因识别、蛋白质结构预测、基因调控网络构建等方面。更让我着迷的是,书中能够提供一些实际的案例研究,展示生物信息学如何帮助科学家们发现新的基因、理解疾病的分子机制、以及开发创新的治疗策略。例如,通过分析一个肿瘤患者的基因组数据,找出导致癌症的关键突变;或者通过对一个物种的基因组进行深入挖掘,揭示其独特的进化历史和适应性。我希望这本书能够让我感受到科学研究的严谨与创新,并激发出我用计算思维去解决生物学难题的热情。我渴望这本书能够为我开启一扇通往未知领域的大门,让我能够在这个交叉学科领域中,找到属于自己的研究方向和创新空间,并为生命科学的进步贡献自己的力量,真正做到学以致用,推动科学研究的深入发展,并在实践中不断提升自我。

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当我看到《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名时,我立刻联想到的是生命科学研究中那些令人振奋的发现,以及那些默默付出、推动科学进步的研究人员。《Bioinformatics and Functional Genomics》不仅仅是一个学科的名称,更代表着一种现代生物学研究的范式。我希望这本书能够深入浅出地阐述这一范式是如何形成的,它如何结合了计算科学、统计学和分子生物学等多个学科的优势,共同揭示生命体的奥秘。我期待书中能够提供一些经典的生物信息学分析案例,这些案例应该能够展示生物信息学工具如何在理解基因功能、基因调控网络、蛋白质相互作用等方面发挥关键作用。比如,通过分析某个基因的同源序列,推断其可能的功能;通过比较不同物种的基因组,理解基因的进化和保守性;或者通过对大规模基因表达数据的挖掘,发现与特定生理或病理状态相关的生物标志物。更重要的是,我希望这本书能够激发起我对“功能基因组学”这一概念更深层次的理解。这不仅仅是描述基因的序列,而是要去理解基因是如何在时间和空间上被调控,如何与其他分子协同作用,最终在生物体内实现其特定功能的。这种对生命“如何工作”的探索,是我对这本书最深的期待。我希望它能成为我学术道路上的一个重要里程碑,帮助我构建起完整的知识体系,并培养出独立思考和解决问题的能力,让我能够在这个日新月异的领域中,不断探索和发现。

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我特别看重一本在信息学和基因组学领域书籍的实用性,而《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名给我带来的第一印象便是其高度的实践指导意义。我希望这本书能够不仅仅停留在理论的阐述,而是能够提供清晰的步骤、详实的案例以及可操作的代码示例,让我能够真正地将所学应用于实际的分析工作中。想象一下,当我学习完关于蛋白质结构预测的部分,我能够跟着书中的指导,利用某个特定的生物信息学软件,对一个已知的蛋白质进行结构预测,并能够理解预测结果的含义和局限性,那种成就感将是无与伦比的。同样,对于高通量测序数据(如RNA-Seq或ChIP-Seq)的分析,我期待书中能够详细讲解数据预处理、质量控制、比对、差异表达分析、通路富集分析等关键步骤,并提供相应的工具和软件包的介绍。这不仅仅是学习理论知识,更是掌握一门解决实际生物学问题的技术。我也希望书中能够探讨一些最新的生物信息学算法和技术,并解释它们是如何被应用于功能基因组学的研究中,例如,如何利用机器学习方法来识别与特定疾病相关的基因,或者如何通过网络分析来揭示基因之间的相互作用。一本真正有价值的书,应该能够让我从“知道”到“做到”,并激发我进一步探索和创新的动力,为我在生物信息学和功能基因组学领域的研究打下坚实的技术基础,并能够让我自信地应对各种复杂的生物数据分析挑战。

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《Bioinformatics and Functional Genomics》这个书名,让我对书中可能涵盖的那些帮助我们理解生命“语言”的方法论充满了期待。我设想这本书能够像一位睿智的导师,带领我一步步走进生物信息学的世界,让我理解那些看似杂乱无章的DNA、RNA和蛋白质序列中蕴含的丰富信息。我尤其希望它能够详细讲解各种生物信息学数据库的作用和使用方法,例如NCBI、Ensembl、UniProt等,以及如何有效地利用这些资源进行文献检索和数据挖掘。更重要的是,我期待它能够阐述在功能基因组学研究中,如何将这些基础的生物信息学工具与更高级的分析方法相结合。比如,如何通过序列比对和比对结果的解读,来推断基因的保守性、功能域以及潜在的进化关系;如何利用系统生物学的概念,通过构建基因调控网络或蛋白质相互作用网络,来理解基因的功能及其在生命过程中的地位。我希望这本书能够给我一种“融会贯通”的感觉,让我明白生物信息学不仅仅是单个工具的集合,而是一套完整的分析框架,能够帮助我们从宏观到微观,从定性到定量,全面地理解基因组的功能。我渴望在这本书的引领下,能够培养出一种“数据驱动”的科研思维,让我能够更加自信地面对复杂的生物学问题,并从中发现新的科学洞见,为我未来的学术研究打下坚实的理论和实践基础,让我在生命科学的探索之路上,能够走得更远,看得更清。

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