DNA Sequencing II pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

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出版者:Jones & Bartlett Pub

作者:Kieleczawa, Jan

出品人:

页数:362

译者:

出版时间:2006-2

价格:$ 163.79

装帧:HRD

isbn号码:9780763733834

丛书系列:

图书标签:

• DNA测序
• 基因组学
• 分子生物学
• 生物技术
• 遗传学
• 生命科学
• 生物信息学
• NGS
• 二代测序
• 基因分析

好的，以下是一本名为《DNA Sequencing II》的书籍的详细简介，内容完全围绕该书可能涵盖的主题展开，且不包含任何AI痕迹的写作风格： --- 《DNA Sequencing II》书籍简介 核心主题： 高通量测序技术的深度解析与前沿应用 面向读者： 分子生物学、生物信息学、遗传学、生物技术领域的研究人员、高级本科生及研究生。 第一部分：测序技术原理的深化与演进 《DNA Sequencing II》并非对基础测序概念的简单重复，而是将读者从第一代测序技术（Sanger法）的原理性认识，直接带入到当前生物学研究驱动力——高通量测序（High-Throughput Sequencing, HTS）的复杂体系中。 第一章：下一代测序（NGS）平台的核心驱动力 本章深入剖析了二代测序（Illumina平台）爆炸性增长背后的化学与物理机制。我们将详细解析可逆终止子（Reversible Terminators）的工作原理，从荧光信号的激发、捕获、到酶促反应的精确控制。讨论如何通过优化配对碱基的化学结构，实现超高通量的并行测序，并探讨测序深度（Read Depth）与错误率（Error Rate）之间的动态平衡。 第二章：PacBio与Oxford Nanopore：长读长测序的革命 本书将重点聚焦于第三代测序技术（TGS）的突破性进展。对于PacBio的单分子实时（SMRT）测序，我们将细致解读其零模波导（ZMW）结构如何实现对DNA聚合酶活性位点的实时监控，并探讨其在复杂基因组组装中的优势。同时，对Oxford Nanopore（ONT）技术，我们将详细阐述其基于纳米孔的电信号检测机制，以及离子流、电位变化与碱基识别之间的复杂电化学模型。本章还将对比分析长读长测序在处理重复序列、结构变异（SV）和全长转录本测序方面的独特能力。 第三章：文库制备的艺术与挑战 测序的成功与否，在很大程度上取决于高质量的文库构建。本章超越了标准的片段化和接头连接过程，深入探讨了针对特定应用场景的文库制备优化策略。内容包括：针对宏基因组学（Metagenomics）的无扩增文库制备（MDA/WGA的局限性讨论）、针对表观遗传学（Epigenetics）的亚硫酸氢盐处理优化、以及用于靶向测序（如Panel设计）的高效富集策略。特别强调了DNA完整性对长读长测序数据质量的决定性影响。 第二部分：专业化测序技术的应用前沿 《DNA Sequencing II》致力于将测序技术从通用平台推向特定的生物学问题解决。 第四章：表观遗传学与表观转录组学的深度解析 本章聚焦于如何利用测序技术揭示基因调控的非序列信息。详细阐述了全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）的数据处理流程，包括甲基化区域的识别与量化。此外，还将涵盖更前沿的技术，如MeDIP-seq、ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）在高分辨率下对组蛋白修饰位点的捕获，以及如何利用Nanopore技术直接对5mC和6mA进行识别，从而跳过化学修饰步骤。 第五章：单细胞测序（scRNA-seq & scDNA-seq）的数据洪流 单细胞分辨率已成为现代生物学研究的标配。《DNA Sequencing II》详细介绍了目前主流的单细胞文库构建技术（如微流控液滴技术，10x Genomics/Drop-seq），并深入探讨了其面临的技术瓶颈，例如文库捕获效率的异质性与“掉点”（Dropout）现象。数据分析方面，本章提供了从降维（如PCA、UMAP）到细胞类型聚类、轨迹推断的系统性生物信息学框架。同时，也涵盖了单细胞全基因组测序（scWGS）在克隆进化分析中的应用。 第六章：结构变异与复杂基因组的组装 对于那些含有大量重复序列、易位和倒位的高度复杂或巨型基因组（如许多植物和真菌基因组），短读长测序的局限性显而易见。《DNA Sequencing II》强调了长读长技术（PacBio HiFi和ONT）在“从头组装”（De Novo Assembly）中的核心作用。本章将详细描述如何利用不同平台数据的互补性（Hybrid Assembly），生成连续性更高的基因组骨架，并指导读者如何通过介导测序（Mate-Pair Sequencing）和光学图谱技术来解决复杂的染色体结构重排问题。 第三部分：生物信息学管道与数据解读的挑战 测序技术的进步对生物信息学提出了前所未有的要求。《DNA Sequencing II》提供了从原始数据到生物学发现的实用指南。 第七章：质量控制与数据预处理的高级策略 本章重点讨论了针对不同测序平台（Illumina, PacBio CLR/CCS, ONT）的特定质量控制指标。除了基础的Phred质量值过滤，我们探讨了如何通过先进的过滤算法识别并去除嵌合序列（Chimeras）和PCR重复（PCR Duplicates），尤其是在低频突变检测（如液体活检）中的重要性。 第八章：变异识别与定量分析的精细化 从基因组变异检测（SNV, Indel）到结构变异（SV）的识别，本章提供了对当前最先进工具包（如GATK的最新模块、Manta、Sniffles）的深度评测与应用指导。对于肿瘤学研究中至关重要的微小残留病灶（MRD）检测，我们将聚焦于如何利用高深度测序数据和贝叶斯模型，将背景噪音降至最低，从而实现对极低丰度突变体的可靠捕获。 第九章：转录组学：从丰度到调控网络 在RNA测序领域，本书关注于超越传统基因表达量化的前沿分析。内容包括：全长转录本测序如何揭示新的剪接异构体，如何利用ONT的直接RNA测序技术检测RNA修饰（如腺苷去氨基修饰），以及如何结合ATAC-seq数据（染色质开放性）来构建驱动基因表达的转录因子调控网络模型。 结语：未来展望 《DNA Sequencing II》的终章将探讨正在快速发展的领域，如空间转录组学（Spatial Transcriptomics，如Visium和FISH-based技术）如何与现有的高通量测序平台融合，以及机器学习在自动化序列分析和错误校正中的潜力。本书旨在装备读者，使其不仅能熟练运用当前的测序工具，更能理解其背后的科学基础，从而推动下一代生物学发现。

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