《四庫全書薈要》從編纂上宗旨就與《四庫全書》不同，《四庫全書》麵嚮世人，而《薈要》僅供皇帝禦覽，從未流嚮過民間，因此，《薈要》有著《全書》無法與之相匹的特色。第一：選編慎重，捲帙精約。編纂《四庫全書》的主要目的，在於盡可能的收齊各類書籍，保存文獻，網羅繁復，其結果必然是捲帙浩繁，“檢玩為難”；而《薈要》是為瞭供皇帝一人禦覽，旨在於精，而不在於多。《薈要》隻收存享有盛名而又確實能影響世人的作品，其思想學術、義理辭章俱屬上乘，中國傳統思想文化的菁華盡備於斯。所以，《四庫全書薈要》所收書籍的種類隻有《四庫全書》的七分之一，而冊數是《四庫全書》的三分之一,可謂“全書中的全書，精品中的精品”。乾隆有詩雲：道資鑒古，搜玉圃以羅珍。　理取研精，披金沙而聚粹。文河藻潤，兼收眾派之流。 冊府菁華，彆挹群言之液。六年詳輯，將漸蕆夫全編。 兩部先成，已統苞其要義。擷詞條而擢秀，摛藻如春。 咀義府以含英，味腴在道。第二：內容真實，少經刪篡。自康熙時興起的文字獄，到乾隆時期達到瞭無以復加的地步，據統計，僅乾隆一朝，文字獄便有130餘起。對於清代統治者來說，他們最忌諱的便是圖書文獻中有不利於清王朝統治和詆毀滿族的文字。在這種心理的作用下，乾隆在詔令修《四庫全書》的時候，也同時敕令對圖書的內容嚴加審查，收入《四庫全書》的圖書中有關華夷之彆的思想言論，均被四庫館臣肆意刪改，有相當一些圖書文獻失去瞭它的本來麵目。而《薈要》供僅皇帝禦覽，因此，其所收圖書在內容上也就務求完整，沒有大量刪改的必要。在原本保存、內容真實方麵，《薈要》勝於《全書》。第三：書品精美，質量上乘。由於清廷十分重視這部叢書，修書務求精美而不計資費，因此，《薈要》的書品達到瞭極為精善的境界。親睹此書的學者評價：《薈要》“字體端嚴勁挺，紙白墨潤，裝潢考究”。第四：校勘翔實，版本珍貴。《薈要》的修書館臣和謄錄、校對的人員都具有相當的學識，他們繕寫精細，校勘、核對精審，從而使得《薈要》較少有錯謬之處。《薈要》依據底本主要有以下幾種，一是內府刊刻本，這些刻本主要來自於清內府圖書刊刻機構“武英殿”；二是內府所藏曆代善本和抄本；三是乾隆三十八年以後在民間徵求到的書籍，在內府藏本和民間奉獻的遺書中自然不乏宋元時期的舊本。所以考證更為詳盡，更完整地保存瞭舊本圖書的原貌。如《薈要》中的《周易正義》考證比全書就要多齣20條，宋鄭汝諧的《東榖易翼傳》、唐杜牧的《樊川集》等，都可以看齣與《四庫全書》所依據的底本不同。據統計，《薈要》的圖書底本達五百餘種，其中宋本62種，金元刊本63種，明刊本288種，清刻本50種，此外還有《永樂大典》本18種，仿宋鈔本7種，稿本1種。時至今日，《薈要》據為底本的許多宋元刻本已經不復存在，這就更顯得《薈要》版本的珍貴。