《珍本医书集成》共收古今医书九十种，具有十分重要的学术与文献价值。本书将九十种医籍分隶十二类，即医经、本草、脉学、伤寒、通治、内科、外科、妇科、儿科、方书、医案、杂著。这种分类既符合中医的学术特点，又便于后人对中医理法方药的学习与掌握。

本叢書整理、彙編了上至黃帝下至民國五千年中華歷代著名醫學典籍210種，系中華中醫經典之彙萃，其出版篇幅在中醫歷史上規模最大。叢書按中醫學分為17類，涵蓋了現代中醫學的全部學科。各類之下，均全文收錄能代表該類學術成就的典籍。為方便現代讀者閱讀，全書改古籍的豎排、繁體為橫排、簡體，增加新式標點，在保證底本原貌的情況下，對原書訛誤之處進行校正。每章前對該書的整理進行了說明。該叢書兼目錄學與叢書雙重功能，是一套中醫學的百科全書。

第1冊

醫經類

素問、靈樞經、難經本義、類經、內經知要

第2冊

傷寒類

傷寒論、類証活人書、注解傷寒論、傷寒明理論、傷寒論注、傷寒貫珠集、長沙方歌括

金匱類

金匱要略方論、金匱方論衍義、金匱要略心典、金匱方歌括

第3冊

溫病類

瘟疫論、痧脹玉衡、廣瘟疫論、外感溫熱病、疫診一得、溫病條辨、溫熱經緯、隨息居重訂、霍亂論、六因條辨、傷寒瘟疫條辨、時病論

第4冊

診斷類

脈經、瀕湖脈學、診家正眼、脈訣匯辨、四診抉微、三指禪、望診遵經、察舌辨症心法、辨舌指南

第5冊

本草類1

神農本草經、雷公炮炙論、珍珠囊補遺藥性賦、湯液本草、本草備要、得配本草、本草綱目拾遺

第6冊

本草類2

本草綱目（一）

第7冊

本草類3

本草綱目（二）

第8冊

方書類1

肘後備急方、備急千金要方、太平惠民和劑局方、普濟本事方、濟生方

第9冊

方書類2

世醫得效方、醫方考、名醫方論、醫方集解、重校湯頭歌訣、串雅內編、串雅外編、串雅補

第10冊

內科類1

素問玄機原病式、宣明方論、內外傷辨、脾胃論、蘭室秘藏、醫學發明、陰証略例、十藥神書、內科摘要、雜病論治准繩

第11冊

內科類2

濟陽綱目

第12冊

內科類3

痰火點雪、症因脈治、理虛元鑑、傅青主男科、金匱翼、風勞臌膈四大証治、醫醇勝義、血証論、中風斠詮

第13冊

外科類1

劉涓子鬼遺方、衛濟寶書、外科精要、外科精義、外科理例、解圍元藪、瘡瘍經驗全書、外科啟玄、外科正宗、霉瘡祕錄

第14冊

外科類2

洞天奧旨、外科証治全生集、瘍科心得集、外科真詮、瘍科綱要

傷科類

理傷續斷方、跌打損傷妙方、正體類要、傷科匯纂、傷科補要、救傷祕旨、救傷祕旨續刻、傷科大成

第15冊

婦科類

女科萬金方、衛生家寶產科備要、婦人大全良方、濟陰綱目、陳素庵婦科補解、傅青主女科、達生編、婦科玉尺、女科要旨

第16冊

兒科類

小兒藥証直訣、小兒斑疹備急方論、嬰童百問、幼科發揮、幼科鐵鏡、幼幼集成、幼科釋謎、遂生編、福幼編

第17冊

五官科類

原機啟微、銀海精微、祕傳眼科龍木論、審視瑤函、目經大成、咽喉脈証通論、重樓玉鑰、白喉全生集、口齒類要

第18冊

針灸類

針灸甲乙經、銅人腧穴針灸圖經、子午流注針經、針灸資生經、十四經發揮、針灸聚英、奇經八脈考、針灸大成、厘正按摩要術

第19冊

養生類

十問、合陰陽、天下至道談、素女經、養性延命錄、新刻奉親養老書、三元參贊延壽書、養生類要、飲膳正要、遵生八箋、內功圖說

第20冊

醫論醫話

格致余論、局方發揮、醫經溯洄集

醫案類1

推求師意、醫貫、醫旨緒余、質疑錄、醫學真傳、醫學讀書記、醫學源流論、重慶堂隨筆、冷廬醫話、醫原、存存齋醫話稿、西溪書屋夜話錄、名醫類案

第21冊

醫論醫話

寓意草、臨証指南醫案、古今醫案按

醫案類2

清代名醫醫案精華

第22冊

綜合類1

諸病源候論、華氏中藏經、三因極一、病症方論、醫學啟源、潔古家珍、儒門事親、洗冤集錄、衛生寶鑑

第23冊

綜合類2

此事難知、丹溪心法、脈因証治、玉機微義、証治要訣及類方、名醫雜著

第24冊

綜合類3

醫學綱目

第25冊

綜合類4

醫學正傳、韓氏醫通、赤水玄珠

第26冊

綜合類5

醫學入門、古今醫鑑

第27冊

綜合類6

萬病回春、先醒儒醫學廣筆記、醫宗必讀、醫門法律、增補病機沙篆、証治匯補

第28冊

綜合類7

景岳全書

第29冊

綜合類8

石室祕錄、辨証錄、張氏醫通

第30冊

綜合類9

醫學心悟、醫方一盤珠、醫碥、蘭台軌范、醫林改錯

第31冊

綜合類10

醫宗金鑑

第32冊

綜合類11

雜病源流犀燭、類証治裁

第33冊

綜合類12

醫學三字經、理瀹駢文、醫學衷中參西錄